A Crohn-betegség felső tápcsatornai megjelenése 0,5-4%-ra tehető tünetekkel rendelkező felnőtt betegeknél. A nyelőcső, a gyomor vagy a duodenum érintettsége általában az alsó tápcsatorna érintettségével egyidejűleg fordul elő. A diagnózis alapját endoszkópos, szövettani és radiológiai értékelés képezi. Aftoid vagy hosszanti fekélyek, szűkületek és fisztulák egyaránt felvetik a Crohn-betegség gyanúját. Szövettanilag a krónikus gyulladásos folyamat jelenléte, elsősorban a lymphoplasmocytás sejtek túlsúlya, valamint az aktív fokális gastritis utalnak Crohn-betegségre, epitheloid granuloma ritkán mutatható ki. A kezelés során protonpumpagátló mellett kortikoszteroidokat, immunmodulátorokat és biológiai terápiát alkalmazunk a betegség súlyosságától függően.