O avanço do poder de processamento e a implementação de algoritmos têm ajudado a comunidade acadêmica a atingir novas fronteiras de conhecimento. Na bioinformática, a adoção de aplicações para a análise e geração de representações visuais gráficas moleculares, acarreta a adição de paradigmas computacionais ao desenvolvimento científico da área. Aplicações como AlphaFold e CABS-flex têm um papel relevante para a modelagem de conformações tridimensionais de biomoléculas e a execução de suas dinâmicas moleculares, fundamentais para a compreensão da biologia molecular e, consequentemente, desenvolvimento de diversas áreas econômicas relacionadas. Este trabalho, então, busca introduzir, de forma objetiva, uma análise comparativa com teor biológico e computacional, métodos e técnicas implementados por estes algoritmos, além de problemas enfrentados nestas aplicações.