Insights into the regulatory networks of Pseudomonas aeruginosa

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Abstract
Etude des réseaux de régulation chez Pseudomonas aeruginosa: Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste pour l’humain et une des premières causes d’infections nosocomiales. Cette bactérie Gram-négative possède un des réseaux de régulation les plus complexes, ce qui lui permet de s’adapter à un grand nombre d’environnements différents. Durant cette thèse, différents aspects de la régulation chez P. aeruginosa ont été investigués. Un nouveau facteur de transcription (FT), ErfA, a été identifié comme impliqué dans la régulation de la virulence dépendante d’ExlBA dans le groupe phylogénétique des souches PA7-like de P. aeruginosa. L’étude de la régulation d’exlBA dans plusieurs espèces de Pseudomonas a révélé une diversité de mécanismes de régulation pour ce facteur de virulence due à des différences de séquences régulatrices dans les promoteurs, ce qui illustre un mécanisme d’évolution de la régulation entre espèce proches. La diversité de promoteurs a été étudiée à l’échelle du génome et s’est révélée être relativement commune parmi tous les gènes. De plus, la caractérisation de tous les régulateurs qui possèdent la même architecture protéique que ErfA a permis d’identifier ces FTs comme des régulateurs locaux et spécialisés dans l’inhibition de voies métaboliques. Pour aller plus loin dans l’exploration de la régulation transcriptionnelle, la détermination des régulons de tous les régulateurs de réponses qui sont des FTs a permis la définition du réseau de régulation des systèmes à deux composantes, qui comprend plus de la moitié des gènes de P. aeruginosa. Enfin, l’étude de la régulation post-transcriptionnelle au travers de la caractérisation des interactomes de Hfq dans trois phases de croissance de différentes souches a permis d’identifier de nombreuses nouvelles interactions régulatrices communes ou spécifiques.

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