After the spread of H5N1 highly pathogenic avian influenza virus (AIV) from Asia into Russia, the Middle East, Europe, and Africa in 2005–06, the Swiss national AIV surveillance program was extended. One of the new focal points was Lake Constance, where sentinel duck stations and swim-in traps were established within the project Constanze in collaboration with Germany and Austria. More than 2000 samples from 41 species were collected in Switzerland between September 2006 and December 2008. Approximately 4% were AIV-positive by quantitative reverse transcriptase–PCR. Subsequent typing revealed 13 different AIV subtypes, of which H5N2 and H9N2 were the most prevalent. All H7 isolates and all but one H5 isolate were characterized as low pathogenic; however, a highly pathogenic H5N1 AIV was detected in a healthy pochard. This study demonstrates that a wide selection of different AIV subtypes can cocirculate among the waterfowl population in wild bird habitats. Epidemiología de los virus de la influenza aviar de aves silvestres en Suiza entre los años 2006 y 2009. Después de la propagación del virus de la influenza aviar altamente patógeno subtipo H5N1 desde Asia a Rusia, el Medio Oriente, Europa y África en los años 2005 y 2006, se amplió el programa nacional suizo de vigilancia contra la influenza aviar. Uno de los nuevos focos fue el Lago Constanza, donde se establecieron estaciones de patos centinelas y trampas para aves nadadoras dentro del Proyecto Constanze que se llevó a cabo en colaboración con Alemania y Austria. Se recolectaron más de 2000 muestras de 41 especies en Suiza entre septiembre del 2006 y diciembre del 2008. Aproximadamente el 4% de las muestras fueron positivas al virus de la influenza aviar mediante transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa. Mediante la tipificación posterior, se revelaron trece subtipos diferentes del virus de la influenza aviar, de los cuales los subtipos H5N2 y H9N2 fueron los más frecuentes. Todos los aislamientos H7 y todos los H5 con excepción de un aislamiento fueron caracterizados como de baja patogenicidad. Sin embargo, se detectó un virus de la influenza aviar de alta patogenicidad H5N1 en un pato parrón sano. Este estudio demuestra que una amplia selección de subtipos diferentes del virus de la influenza pueden circular simultáneamente entre las poblaciones de aves acuáticas en los hábitats de aves silvestres. Abbreviations: AIV = avian influenza virus; Ct = cycle threshold; hp = highly pathogenic; HPAIV = highly pathogenic AIV; lp = low pathogenic; LPAIV = low pathogenic AIV; RT-qPCR = quantitative reverse transcriptase–PCR