DNA Barcodes for the Distinction of Reindeer Lichens: A Case Study UsingCladonia rangiferinaandC. stygia
Abstract
Kanz, B., Brackel, W. v., Cezanne, R., Eichler, M., Hohmann, M.-L., Teuber , D. & Printzen, C. 2015. DNA barcodes for the distinction of reindeer lichens: a case study using Cladonia rangiferina and C. stygia. — Herzogia 28: 445–464. Many groups of lichens are difficult to identify due to their phenotypical plasticity. Molecular methods are therefore increasingly used not only to elucidate phylogenetic relationships among taxa, but also to assign individuals to species. Most members of the genus Cladonia are conspicuous and frequently collected, but notoriously variable. At the same time the genus comprises species that have to be regularly monitored under EU legislation. A „DNA barcoding“ approach could thus be very helpful to correctly identify taxa. The internal transcribed spacer region of the ribosomal RNA repeat has been proposed as a universal barcoding marker for fungi. However, it has also been shown that data from this locus alone might be insufficient to reliably distinguish members o... Zusammenfassung: Kanz, B., Brackel, W. v., Cezanne, R., Eichler, M., Hohmann, M.-L., Teuber , D. & Printzen, C. 2015. DNA-Barcodes zur Unterscheidung von Rentierflechten: eine Fallstudie mit Cladonia rangiferina und C. stygia. — Herzogia 28: 445–464. Viele Flechtengruppen sind wegen ihrer phänotypischen Plastizität schwer zu bestimmen. Molekulare Methoden werden deshalb zunehmend nicht nur verwendet, um Phylogenien zu rekonstruieren, sondern auch um Individuen einer Art zuzuordnen. Die meisten Arten der Gattung Cladonia sind auffällig und werden häufig gesammelt, sind aber berüchtigt für ihre Variabilität. Gleichzeitig enthält die Gattung Arten, deren Erhaltungszustand nach der FFH-Richtlinie der EU regelmäßig überwacht werden muss. Ein „DNA-Barcoding“ Ansatz könnte bei der sicheren Bestimmung dieser Arten sehr hilfreich sein. Als universeller Barcoding-Marker für Pilze ist die „Internal Transcribed Spacer“ (ITS) Region der ribosomalen RNA vorgeschlagen worden. Es wurde jedoch auch gezeigt, dass Daten all...Keywords
This publication has 46 references indexed in Scilit:
- BEAST 2: A Software Platform for Bayesian Evolutionary AnalysisPLOS Computational Biology, 2014
- Integrating DNA barcode data and taxonomic practice: Determination, discovery, and descriptionBioEssays, 2010
- Cryptic species in lichen-forming fungiIMA Fungus, 2010
- Distinction ofCladonia reiandC. subulatabased on molecular, chemical and morphological characteristicsThe Lichenologist, 2010
- Identification of Birds through DNA BarcodesPLOS Biology, 2004
- Biological identifications through DNA barcodesProceedings Of The Royal Society B-Biological Sciences, 2003
- TCS: a computer program to estimate gene genealogiesMolecular Ecology, 2000
- Selection of Conserved Blocks from Multiple Alignments for Their Use in Phylogenetic AnalysisMolecular Biology and Evolution, 2000
- ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes ‐ application to the identification of mycorrhizae and rustsMolecular Ecology, 1993
- Basic local alignment search toolJournal of Molecular Biology, 1990