Caractérisation d'une nouvelle espèce : Rouxiella chamberiensis : phylogénie, physiologie, étude des réservoirs et mise au point d'une technique de diagnostic rapide

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Abstract
La contamination de plusieurs poches de nutrition parentérale (PNP) par une bactérie inconnue, a déclenché une investigation, toujours en cours. Les objectifs essentiels étaient de caractériser cette bactérie sur le plan taxonomique pour permettre de la reconnaître dans d'autres contextes. Le séquençage du gène rrs, codant l'ARN 16S, a permis de positionner la bactérie inconnue parmi les Enterobacteriaceae, à proximité des genres Ewingella, Rahnella, Serratia, Yersinia et Hafnia. Le séquençage du génome total de la bactérie a permis d'utiliser cinq gènes pour une étude MLSA (multi-locus sequence analysis). L'arbre phylogénétique ainsi obtenu montre que la bactérie (six isolats ne représentant qu'une seule souche) représente un nouveau genre de la famille Enterobacteriaceae que nous avons appelé Rouxiella, l'espèce étant Rouxiella chamberiensis. Un des isolats a été désigné souche-type et déposé dans les collections dans deux pays différents (CIP, France et DSMZ, Allemagne). Les propriétés physiologiques et biochimiques de R. chamberiensis ont permis d'en faire une description. R. chamberiensis ne se développe pas à 37 °C, ce qui ne plaide pas pour une action pathogène active sur l'homme, ne produit pas de nitrate réductase (au contraire de la très grande majorité des Enterobacteriaceae, mais comme Erwinia), et ne fermente que peu de glucides. Le nom Rouxiella chamberiensis a été validé par publication dans l'International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Dès que ce nouveau genre et espèce a été publié, d'autres chercheurs ont isolé de l'environnement des souches qui étaient proches de Rouxiella. Une collaboration avec une équipe allemande a permis de décrire deux nouvelles espèces de Rouxiella, « R. badensis » et « R. sylvae »

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