Christian José Pallares

Antimicrobial resistance (AMR) is positioning as one of the most relevant threats to global public health and threatens the effective treatment of an ever-growing number of bacterial infections in various healthcare settings, particularly in acute care and surgical units, as well as in the community. Among multidrug-resistant (MDR) gram-negative bacteria (MDRGNB), Enterobacterales, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter baumannii require special attention, since they account for most of the mortality associated with bacterial infections and are often MDR. It is clear that there is an important global variation in antibiotic resistance profiles among MDRGNB species. Extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacterales, carbapenem-resistant Enterobacterales, DTR-P. aeruginosa, and MDR-A. baumannii are the focus of this review. Here, we summarize a series of relevant studies on risk factors associated with colonization and infection with these MDRGNB. Likewise, we offer a comparative overview of those studies providing scoring systems to predict the risk of infection with these MDR pathogens, and their pros and cons. Despite the variable accuracy of published risk factors for predicting colonization or infection with MDRGNB, these scores are valuable tools that may help anticipate colonization and infection among those colonized. More importantly, they may help reduce unnecessary use of broad-spectrum antimicrobials and guiding the selection of an optimal treatment.

La resistencia antimicrobiana es una amenaza para los logros de la medicina moderna y una de las medidas más efectivas para contrarrestarla son los programas de optimización del uso de antimicrobianos (PROA), en el cual el laboratorio de microbiología es uno de los principales componentes. La aplicación efectiva de tecnología de la información en los procesos es fundamental, pero existe poca información en Latinoamérica sobre el desarrollo y la articulación de las herramientas tecnológicas para apoyar los PROA. Este consenso hace recomendaciones sobre la gestión de los datos microbiológicos para la toma de decisiones. En la Parte I, se presentan las recomendaciones en cuanto al uso de un sistema informatizado de gestión de datos microbiológicos en la práctica clínica, los requerimientos de datos y de reporte en el laboratorio de microbiología, y los contenidos del sistema de gestión de calidad avanzado en el laboratorio. En la Parte II, se discuten los requerimientos de información para la gestión de PROA en estadios intermedios, iniciales y avanzados por el laboratorio y la farmacia; así como la integración del equipo de PROA con el Comité de Prevención y Control de Infecciones y la información para la gestión de PROA a nivel gerencial.

La resistencia antimicrobiana es una amenaza para los logros de la medicina moderna y una de las medidas más efectivas para contrarrestarla son los programas de optimización del uso de antimicrobianos (PROA), en los cuales el laboratorio de microbiología es uno de los principales componentes. La aplicación efectiva de tecnología de la información en los procesos es fundamental, pero existe poca información en Latinoamérica sobre el desarrollo y la articulación de las herramientas tecnológicas para apoyar los PROA. Este consenso, hace recomendaciones sobre la gestión de los datos microbiológicos para la toma de decisiones. En la Parte I, se presentan las recomendaciones en cuanto al uso de un sistema informatizado de gestión de datos microbiológicos en la práctica clínica, los requerimientos de datos y de reporte en el laboratorio de microbiología, así como y los contenidos del sistema de gestión de calidad avanzado en el laboratorio. En la Parte II, se discuten los requerimientos de información para la gestión de PROA en estadios intermedios, iniciales y avanzados por el laboratorio y la farmacia; así como la integración del equipo de PROA con el Comité de Prevención y Control de Infecciones y la información para la gestión de PROA a nivel gerencial.

Introducción. El comportamiento de la resistencia antimicrobiana es fundamental en el mejoramiento y ajuste de los programas de optimización de uso de antimicrobianos, la implementación de las guías terapéuticas y las precauciones que limitan la transmisión cruzada de bacterias resistentes entre pacientes. Desde el inicio del 2020, la pandemia del SARS-CoV-2 desafió profundamente al sistema de salud y, según algunos reportes, aumentó las tasas de resistencia antimicrobiana.Objetivo. Describir el comportamiento de la resistencia antimicrobiana en los microrganismos más frecuentes en veinte hospitales colombianos durante el periodo 2018-2021.Materiales y métodos. Se trata de un estudio descriptivo basado en la información microbiológica reportada por veinte instituciones de salud de nivel III y IV, entre enero de 2018 y diciembre de 2021, en doce ciudades de Colombia, las cuales hacen parte del “Grupo para el estudio de la resistencia nosocomial en Colombia”, liderado por la Universidad El Bosque. La identificación de género y especie de los microorganismos más frecuentes, junto con su perfil de resistencia frente a antibióticos marcadores, se determinaron mediante el análisis de los datos vía WHONET.Resultados. En general, los 10 microorganismos más frecuentes analizados a lo largo de los 4 años no presentaron cambios estadísticamente significativos en sus perfiles de resistencia durante los cuatro años del periodo evaluado, de 2018 a 2021. En contraste, Pseudomonas aeruginosa aumentó su resistencia frente a piperacilina-tazobactam y carbapenémicos, lo cual fue estadísticamente significativo.Conclusiones. Los cambios en la resistencia antimicrobiana en estos años no han sido estadísticamente significativos, excepto para P. aeruginosa, bacteria que mostró un incremento en las tasas de resistencia a piperacilina-tazobactam y carbapenémicos.

Antimicrobial resistance is one of the major global health threats. Antimicrobial stewardship (AMS) has been set as a priority within international action plans to combat this issue. The region of Latin America and the Caribbean are recognized for their high antimicrobial resistance rates; nevertheless, a low number of studies describing implemented interventions for this topic have been published. This review aims to provide an overview of the status of AMS in our region, focusing on the main progress achieved and describing the different published efforts made by countries towards the implementation of antimicrobial stewardship programs (ASP). Common areas of intervention included were (a) education approaches, (b) antimicrobial guideline implementation and monitoring, (c) diagnostic stewardship, (d) technological tools: electronic clinical decision support systems in AMS, (e) pharmacy-driven protocols and collaborative practice agreements, and (f) economic impact. The search demonstrated the varied interventions implemented in diverse healthcare settings; the results accentuate their influence on antimicrobial consumption, antimicrobial resistance, clinical outcomes, and direct economic impact. The integration of multiple strategies within each hospital was highlighted as an essential key to ASP success. Even though the literature found demonstrated clear progress, there is still a special need for strengthening leadership from the top down, defining goals based on needs, and gaining support through policy and financing in LAC.

We report the presence of the mcr-1 gene among 880 Escherichia coli clinical isolates collected in 13 hospitals from 12 Colombian cities between 2016 and 2019. Seven (0.8%) isolates were colistin resistant (MIC ≥ 4 µg/mL). These colistin-resistant isolates were screened for the presence of the mcr-1 gene; five carried the gene. These five isolates were subjected to whole genome sequencing (WGS) to identify additional resistomes and their ST. In addition, antimicrobial susceptibility testing revealed that all E. coli isolates carrying mcr-1 were susceptible to third generation-cephalosporin and carbapenems, except one, which carried an extended-spectrum β-lactamase (CTX-M-55), along with the fosfomycin resistance encoding gene, fosA. WGS indicated that these isolates belonged to four distinct sequence types (ST58, ST46, ST393, and a newly described ST14315) and to phylogroups B1, A, and D. In this geographic region, the spread of mcr-1 in E. coli is low and has not been inserted into high-risk clones such as ST131, which has been present in the country longer.

Background: Antimicrobial stewardship programs (ASPs) have become a fundamental pillar in optimizing antimicrobial usage, improving patient care, and reducing antimicrobial resistance (AMR). Herein we evaluated the impact of an ASP on antimicrobial consumption and AMR in Colombia. Methods: We designed a retrospective observational study and measured trends in antibiotic consumption and AMR before and after the implementation of an ASP using interrupted time series analysis over a 4-year period (24 months before and 24 months after ASP implementation). Results: ASPs were implemented according to the available resources in each of the institutions. Before ASP implementation, there was a trend toward an increase in the antibiotic consumption of all measured antimicrobials selected. Afterward, an overall decrease in antibiotic consumption was observed. The use of ertapenem and meropenem decreased in hospital wards, while a decrease in the use of ceftriaxone, cefepime, piperacillin/tazobactam, meropenem, and vancomycin was observed in intensive care units. After ASP implementation, the trend toward an increase of oxacillin-resistant Staphylococcus aureus, ceftriaxone-resistant Escherichia coli, and meropenem-resistant Pseudomonas aeruginosa was reversed. Conclusions: In our study, we showed that ASPs are a key strategy in tackling the emerging threat of AMR and have a positive impact on antibiotic consumption and resistance.

Introducción. Actualmente, hay pocos estudios en Latinoamérica sobre las características demográficas, clínicas y de laboratorio de pacientes con COVID-19 y con requerimiento de ingreso a unidad de cuidados intensivos (UCI). Objetivo. Comparar las características sociodemográficas, clínicas, imagenológicas y de laboratorio de pacientes diagnosticados con COVID-19 atendidos en el servicio de urgencias de una clínica en Cali, Colombia, según requerimiento de ingreso a UCI. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo descriptivo de cohorte única realizado en 49 adultos con COVID-19 atendidos en el servicio de urgencias de un hospital de cuarto nivel de atención en Cali, Colombia, en marzo y abril de 2020, los cuales se dividieron en dos grupos: requerimiento de UCI (n=24) y no requerimiento de UCI (n=25). Se realizaron análisis bivariados para determinar las diferencias entre ambos grupos (pruebas de chi-2, exacta de Fisher, t de Student y U de Mann-Whitney), con un nivel de significancia de p<0.05. Resultados. La edad promedio fue 53 años (DE=13) y 29 pacientes fueron hombres. Se encontraron diferencias significativas entre ambos grupos en las siguientes variables: edad promedio (UCI x̅=58 vs. No UCI x̅=49; p=0.020), presencia de diabetes (8 vs. 1; p=0.010), presencia de dificultad respiratoria (20 vs. 11; p=0.007), presencia uni o bilateral de áreas de consolidación (12 vs. 3; p=0.005), mediana del conteo de leucocitos (Med=7570/mm3 vs. Med=5130/mm3; p=0.0013), de neutrófilos (Med=5980/mm3 vs. Med=3450/mm3; p=0,0001) y linfocitos (Med=865/mm3 vs. Med=1400/mm3; p<0,0001), mediana de proteína C reactiva (Med=141,25mg/L vs. Med=27,95mg/L; p<0,001), ferritina (Med=1038ng/L vs. Med=542,5ng/L; p=0.0073) y lactato-deshidrogenasa (Med=391U/L vs, Med=248,5U/L, p=0,0014). Finalmente, 15 pacientes requirieron ventilación mecánica invasiva, 2 presentaron extubación fallida, y en total, 5 fallecieron. Conclusiones. Se observaron diferencias significativas en los valores de varios marcadores inflamatorios, daño celular y parámetros del hemograma entre los pacientes que requirieron admisión a la UCI y los que no, por lo que estas variables podrían emplearse para desarrollar herramientas que contribuyan a establecer el pronóstico de esta enfermedad.

Background: The dissemination of the uropathogenic O25b-ST131 Escherichia coli clone constitutes a threat to public health. We aimed to determine the circulation of E. coli strains belonging to O25b:H4-B2-ST131 and the H30-Rx epidemic subclone causing hospital and community-acquired urinary tract infections (UTI) in Colombia. Methods: Twenty-six nonduplicate, CTX-M group-1-producing isolates causing UTI in the hospital and community were selected for this study. Results: Twenty-two E. coli isolates harboring CTX-M-15, one CTX-M-3, and three CTX-M-55 were identified. Multilocus Sequence Typing (MLST) showed a variety of sequence types (STs), among which, ST131, ST405, and ST648 were reported as epidemic clones. All the E. coli ST131 sequences carried CTX-M-15, from which 80% belonged to the O25b:H4-B2 and H30-Rx pandemic subclones and were associated with virulence factors iss, iha, and sat. E. coli isolates (23/26) were resistant to ciprofloxacin and associated with amino acid substitutions in quinolone resistance-determining regions (QRDR). We detected two carbapenem-resistant E. coli isolates, one coproducing CTX-M-15, KPC-2, and NDM-1 while the other presented mutations in ompC. Additionally, one isolate harbored the gene mcr-1. Conclusions: Our study revealed the circulation of the E. coli ST131, O25b:H4-B2-H30-Rx subclone, harboring CTX-M-15, QRDR mutations, and other resistant genes. The association of the H30-Rx subclone with sepsis and rapid dissemination warrants attention from the public health and infections control.