RFRicardo da Fonseca

Ricardo da Fonseca

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Ricardo da Fonseca has a total of 155 co-authors. Here are the top co-authors by number of shared publications:


Latest Publications

  • Open Access

    Viabilidade do uso de caraterísticas "dias para um peso específico" em programas de melhoramento genético Santa Inês

    by Bruna Folegatti Santana, Érik dos Santos Harada, Isabel Oliveira Silva, Matos Manuel, Danilo Pereira da Silva, José Bento Sterman Ferraz, Ricardo da Fonseca

    O objetivo deste trabalho foi estudar características de "dias para um peso específico" em programas de melhoramento da raça Santa Inês, comparando-as com características tradicionais, como o ganho de peso médio diário. Deste modo, este estudo teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para dias para atingir 13 kg (D13), dias para atingir 35 kg (D35), ganho de peso pré-desmame (GPDND60), ganho de peso pós-desmame (GPDPD180) em uma população de ovinos Santa Inês. O banco de dados utilizado consistiu em 15.667 animais, com informações de pedigree e 11.576 fenótipos de crescimento. Os dados foram organizados e preparados com o programa R, e a estimação dos componentes de covariação, bem como as análises bi caraterísticas, foram realizadas com o software Wombat. A progênie dos animais foi analisada para variabilidade das diferenças de progênie (Deps) por meio de um coeficiente de variação genética aditiva. As herdabilidades para GPDND60 e D13 foram as mais altas, 0,34 e 0,27, respectivamente. A análise demonstrou altas correlações genéticas entre as caraterísticas GPDND60 e D13 (0,98) e GPDPD180 e D35 (0,99). As caraterísticas apresentaram coeficientes de variação semelhantes. As caraterísticas de ganho de peso médio diário foram vantajosas para atingir o peso de abate cerca de um mês antes, reduzindo o ciclo produtivo. No entanto, economicamente, as respostas foram semelhantes para o modelo de criação a pasto

  • Open Access

    Estimativa de parâmetros genéticos para características de escore visual: um estudo de simulação

    by Luis Orlando Duitama Carreño, Rafael Keith Ono, Adam Taiti Harth Utsunomiya, Michel Marques Farah, Ligia Cavani, Danilo Pereira da Silva, Érik dos Santos Harada, Ricardo da Fonseca

    Resumo Escores visuais são atribuídos sem considerar uma referência absoluta. Nesse caso, as referências de avaliação são diferentes para cada grupo avaliado, dependendo apenas da estrutura do grupo. Assim, fatores que alteram a estrutura dos grupos de avaliação, como o tamanho do grupo, podem afetar a atribuição do escore visual, bem como a estimação e predição de parâmetros genéticos e valores genéticos aditivos, respectivamente. O objetivo deste estudo é determinar as consequências da atribuição de escores com base em uma referência relativa na estimativa de parâmetros genéticos e valores genéticos aditivos, considerando diferentes tamanhos de grupo de avaliação. Foi realizado um estudo de simulação considerando 6 cenários formados pela combinação de duas populações (selecionadas e não selecionadas) e 3 tamanhos de grupos (10, 40 e 100 animais) para avaliação. Parâmetros e valores genéticos foram estimados usando dois modelos de limiar que diferiram em sua correção para efeitos ambientais. As estimativas de herdabilidade para as duas populações foram próximas quando o modelo corrigiu os efeitos ambientais (0,407 - 0,418). No entanto, os níveis de herdabilidade caíram ao longo das gerações quando o modelo não considerou os efeitos ambientais (0,172 - 0,247). O tamanho do grupo de avaliação afetou principalmente a precisão das predições do valor genético, uma vez que maior precisão estava relacionada a tamanhos de grupo de avaliação maiores (0,576 - 0,715). Concluímos que a forma como os escores visuais são atribuídos não afeta a estimativa de parâmetros e valores genéticos. No entanto, grupos de avaliação de mais de 40 animais devem ser utilizados para obter maior precisão e progresso genético.


  • Open Access

    Estimation of genetic parameters for visual score traits: a simulation study

    by Luis Orlando Duitama Carreño, Rafael Keith Ono, Adam Taiti Harth Utsunomiya, Michel Marques Farah, Ligia Cavani, Danilo Pereira da Silva, Érik dos Santos Harada, Ricardo da Fonseca

    Visual scores are assigned with no basis on an absolute reference. In this case, evaluation references are different for each group, depending only on the structure of the group. Thus, factors that change the structure of evaluation groups, such as group size, can affect visual score assignment, as well as estimation of genetic parameters and prediction of breeding values, respectively. The objective of this study to determine the consequences of assigning scores based on a relative reference on the estimation of genetic parameters and breeding values considering different evaluation group sizes. A simulation study was conducted considering 6 scenarios formed by the combination of two populations (selected and unselected) and 3 group sizes (10, 40, and 100 animals) for evaluation. Genetic parameters and breeding values were estimated using two threshold models that differed in their correction for environmental effects. Heritability estimates for the two populations were close when the model corrected for environmental effects (0.407 - 0.418). However, heritability levels fell over generations when the model did not consider environmental effects (0.172 - 0.247). The size of the evaluation group mainly affected the accuracy of breeding values prediction, since higher accuracy was related to larger evaluation group sizes (0.576 - 0.715). We concluded that the way in which visual scores are assigned does not affect the estimation of genetic parameters and values. However, evaluation groups of more than 40 animals should be used to obtain greater accuracy and genetic progress.


  • Open Access

    Características da carne ovina embalada a vácuo e armazenada sob luz fluorescente

    by Natalia Carolina Vieira, Cristiana Andrighetto, Érica Pereira Souza, Patrícia Aparecida da Luz, Sirlei Aparecida Maesta, Hélio Almeida Ricardo, Ricardo da Fonseca

    O objetivo do estudo foi avaliar as possíveis variações das características físico-químicas e microbiológicas da carne ovina congelada, embalada a vácuo sob exposição de luz fluorescente em diferentes tempos de armazenamento. Dezesseis músculos Longissimus lumborum de cordeiros machos da raça Ile de France foram coletados para as análises de qualidade da carne de pH, cor, força de cisalhamento, perdas de peso por cocção, capacidade de retenção de água, oxidação lipídica, microrganismos mesófilos, psicrotróficos e enterobactérias. As amostras foram identificadas e armazenadas aleatoriamente em freezer horizontal sob a Incidência de luz fluorescente (CL) e sem Incidência de luz (SL) por 30 e 60 dias mais o tratamento controle (dia 0). Houve interação entre os tratamentos para pH e capacidade de retenção de água (p<0,05), observando resultados superiores para CL-30 e SL-60 respectivamente. Entretanto, para as demais variáveis foram encontradas diferenças apenas nos efeitos principais, principalmente de tempo (p<0,05). O teor de L*, a* e b*, C*, O/M, perdas de peso por cocção e a oxidação lipídica aumentaram à medida que a carne ficou mais tempo armazenada (p0,05). A qualidade microbiológica da carne não foi afetada pelo fator luminosidade, exceto para enterobactérias (p<0,05) em que o tratamento CL apresentou menor contagem desses microrganismos. Dessa forma conclui-se que as características físico-químicas e microbiológicas não foram afetadas pela Incidência de luz. No entanto, a carne sofre alterações à medida que aumenta o tempo de estocagem sob congelamento.

  • Open Access

    Impacto de diferentes estratégias de busca sob os resultados de uma metanálise para a característica mastite em gado de leite

    by Danilo Pereira da Silva, Gustavo Do Valle Polycarpo, Fraine Natacha Aléssio, Alexandre de Queiroz, Sirlei Aparecida Maestá, Ricardo da Fonseca

    Resumo Estratégias de buscas mal formuladas podem apresentar grandes influências nos resultados de uma metanálise, uma vez que impacta diretamente na quantidade e aderência ao tema dos trabalhos utilizados para estudo, portanto, a formulação de uma estratégia de busca consistente e funcional é fundamental para que a revisão sistemática atinja seus objetivos. O objetivo deste trabalho foi estudar o impacto de diferentes estratégias de busca em uma revisão sistemática por meio da realização de uma metanálise para estimação de herdabilidade para a característica mastite em gado de leite. Uma vez definidas as estratégias de busca, as pesquisas realizadas nas bases de dados Web of science, Scopus, Scielo e Pubmed retornaram 921 estudos dos quais, após passarem pelos processos de identificação, seleção, elegibilidade e inclusão, 25 estudos foram selecionados. Retiradas dos artigos selecionados, 26 estimativas de herdabilidades foram utilizadas na realização da metanálise. Utilizou-se um modelo de efeito aleatório, sendo todas as análises realizadas pelo programa R, por meio do pacote Metafor. As estimativas obtidas através da estatística combinada de estudos para mastite, apresentou valores de baixa magnitude (0,05 e 0,06). Os efeitos das estratégias de busca têm impacto significativo nas estimativas de metanálise produzidas.

  • Open Access

    Impact of different search strategies on the results of a meta-analysis for mastitis in dairy cattle

    by Danilo Pereira da Silva, Gustavo Do Valle Polycarpo, Fraine Natacha Aléssio, Alexandre de Queiroz, Sirlei Aparecida Maestá, Ricardo da Fonseca

    Poorly formulated search strategies can have great influences on the results of a meta-analysis, since it directly impacts the amount and adherence to the theme of the works used for study, therefore, the formulation of a consistent and functional search strategy is essential for the review system to achieve its goals. The objective of this work was to study the impact of different search strategies in a systematic review by performing a meta-analysis to estimate heritability for the mastitis trait in dairy cattle. Once the search strategies were defined, the searches carried out in the Web of science, Scopus, Scielo and Pubmed databases returned 921 studies from which, after going through the identification, selection, eligibility and inclusion processes, 25 studies were selected. Withdrawals from selected articles, 26 heritability estimates were used in the meta-analysis. A random effect model was used, with all analyzes performed by the R program, through the Metafor package. The estimates obtained through the combined statistics of studies for mastitis, presented values of low magnitude (0.05 and 0.06). The effects of search strategies have a significant impact on the meta-analysis estimates produced.

  • Open Access

    Uso de árvores de decisão a partir do Índice de Temperatura de Globo e Umidade para mitigar estresse calórico em poedeiras leves

    by Maria Elena Silva Montanhani, Érik dos Santos Harada, Mario Mollo Neto, Silvia Regina Lucas de Souza, Ricardo da Fonseca, Leda Gobbo de Freitas Bueno

    A avicultura de postura se encontra em constante evolução, com uso de tecnologias que ajudam o produtor a obter melhores produtividades e, aliado a isso, o comprometimento com o bem-estar das aves. Um dos fatores ambientais que afetam diretamente essas questões é o estresse calórico que pode afetar as aves devido a ondas de calor. Para a mitigação desses efeitos negativos é realizado o monitoramento bioclimático, esse levantamento pode ser destinado a análises que fornecerão uma melhor visualização, como é o caso da mineração de dados que gera árvores de decisão. Sendo assim, o objetivo desse estudo foi desenvolver árvores de decisão com o uso da ferramenta de mineração de dados, como subsídio para sistemas de alerta a partir do Índice de Temperatura de Globo e Umidade (ITGU), mitigando os danos que podem ser causados por extremos climáticos na produção e qualidade de ovos de poedeiras. Para tal, foi utilizado um conjunto de dados de três aviários localizados na cidade de Bastos-SP, coletados na estação do verão de 2013/2014, esses dados foram selecionados e organizados em planilhas Excel® e calculado o ITGU, classificando em faixas de conforto, após processados com o software Weka® com algoritmo J48 (C4.5) realizando a mineração dos dados. As árvores de decisão geradas para cada um dos aviários demonstraram um comportamento parecido, com dois ramos classificando em confortável ou quente, sendo que, o valor de ITGU foi muito próximo se diferindo apenas nas casas decimais. Para os aviários A1 e A2 foram obtidos coeficientes Kappa excelentes, já no A3 este coeficiente não obteve uma boa classificação.

  • Open Access

    Árvores de decisão baseadas em entalpia para avaliação de conforto para poedeiras leves em clima tropical

    by Érik dos Santos Harada, Maria Elena Silva Montanhani, Leda Gobbo de Freitas Bueno, Mario Mollo Neto, Silvia Regina Lucas de Souza, Ricardo da Fonseca

    Com o avanço da tecnologia foi possível armazenar uma grande quantidade de dados com um menor preço, sendo possível investigar os fatores climáticos que afetam a produção animal. A região Oeste do Estado de São Paulo é uma região propensa à ocorrência de extremos de temperatura, sendo um fator preocupante para os produtores de ovos. Neste estudo objetivou-se saber se é possível gerar árvores de decisão a partir de dados de entalpia utilizando a Mineração de Dados, e se estas árvores estarão aptas a serem inseridas em um sistema de alerta para intempéries climáticas. Para este estudo foi utilizado um banco de dados de variáveis bioclimáticas provenientes de três aviários de poedeiras comerciais localizados na cidade de Bastos-SP, Brasil, no ano de 2013. Após a organização e classificação dos dados em planilha eletrônica, e processados pelo software Weka com o algoritmo J48 (C4.5) para mineração de dados, a técnica aplicada a este banco de dados possibilitou a geração de árvores de decisão com aproximadamente 98% de acertos e índice Kappa de 0,96 respectivamente. Sendo assim, as árvores de decisão geradas neste estudo são precisas o suficiente, para que sejam utilizadas futuramente em um sistema de alerta contra adversidades climáticas para poedeiras comerciais em clima tropical.


  • Open Access

    Análise da estrutura populacional de ovinos deslanados do núcleo de conservação

    by C.R.S. Tino, L. Cavani, R. Fonseca, K.M. Silva

    RESUMO Este estudo analisou a estrutura populacional de ovinos deslanados do núcleo de conservação do estado do Ceará, Brasil. Os parâmetros populacionais foram estimados com base nos dados genealógicos de indivíduos das raças Santa Inês (SI), Somalis (SO) e Morada Nova (MN), nascidos entre os anos de 2001 e 2014. Os parâmetros estimados foram: número de gerações completas equivalentes (GCE), intervalo entre gerações (IEG), número de fundadores (Nf), número efetivo de fundadores (fe), número efetivo de ancestrais (fa), coeficiente de endogamia (F) e índice de contribuição genética (ICG). O GCE médio foi de 1,82, 2,78 e 1,52 para SI, SO e MN, respectivamente. O IEG foi próximo entre as raças, 3,67 anos em média. O Nf para SI, SO e MN foi igual a 225, 194 e 153, respectivamente. As razões fe/fa foram distantes de 1 nas três populações, o que indica ocorrência de gargalo genético, principalmente para SO. Os coeficientes médios de endogamia foram de 1,81%, 0,78% e 0,78% para SI, SO e MN, respectivamente. O ICG foi de 3,32, 5,38 e 2,87 para SI, SO e MN, respectivamente. Os parâmetros populacionais estimados apontam que parte da genética original desses rebanhos foi perdida, principalmente na população da raça Somalis.


  • Open Access

    Estimation of genetic parameters for weight traits and Kleiber Index in a Brahman cattle population

    by Matos Manuel, Ligia Cavani, Danilo Domingues Millen, Cristiana Andrighetto, Gelci Carlos Lupatini, Ricardo da Fonseca

    Interest in improving feed efficiency of cattle has been increasing. The residual feed intake (RFI), the most commonly used measurement of feed efficiency, is expensive and can only be used in a small number of animals. The Kleiber Index has also been proposed to measure RFI. In this study, we estimated genetic parameters for the Kleiber Index average daily weight gain and adjusted weights to obtain a more comprehensive understanding of potential responses to selection and support the development of breeding strategies. Genetic analyses were conducted on animal records from a data file with 36,505 animals recorded by ABCZ (Brazilian Association of Zebu Breeders). Restricted maximum likelihood estimates of genetic parameters were computed with Wombat software. Heritabilities ranged from 0.24 to 0.22 for adjusted weights, from 0.12 to 0.26 for Kleiber Indexes and from 0.15 to 0.22 for average daily gains. Correlations between traits ranged from -0.06 to 0.99. Results indicated that Kleiber Indexes at different ages do not constitute a viable solution for the selection of bulls and cows for Brazilian Brahman populations in terms of feeding efficiency.