Jeff. A. Johnson

Aim: Estimates of a species' Area of Occupancy (AOO) and Extent of Occurrence (EOO) are key metrics for Red List assessments. Presence‐only species distribution models (SDMs) with arbitrary thresholding are commonly used for this task even when data could support more rigorous analyses. We evaluate the advantages of integrated SDMs (iSDMs) over presence‐only SDMs for estimating these metrics, focusing on threshold selection and uncertainty quantification. Location: Patagonia, South America, including Islas Malvinas/Falkland Islands. Methods: We modelled distributions for five raptor species ( Glaucidium nana , Strix rufipes , Buteo ventralis , Phalcoboenus australis , P. albogularis ), fitting iSDMs using a hierarchical Bayesian framework with spatial random effects in spOccupancy and comparing AOO and EOO estimates to those from Maxent presence‐background SDMs. To assess accuracy against a known truth, we then simulated data from an iSDM subject to detection and sampling error, comparing the true AOO (the metric most sensitive to thresholding) to estimates from iSDM and SDM under different thresholding rules. Results: Empirically, both approaches predicted similar occupancy patterns ( r = 0.48–0.90), but AOO and EOO estimates diverged. Threshold choice in Maxent produced variation comparable to iSDM 90% credible intervals, with AOO and EOO ranging over thousands and hundreds of thousands of km ² , respectively. Only one species showed overlapping EOO estimates between methods, and three overlapping AOO. The iSDM estimates suggested no species qualifies as threatened under Red List Criterion B, though Striated Caracara approached Near Threatened. In simulations, SDM estimates of AOO correlated poorly with the truth regardless of threshold ( r = 0.09), whereas iSDM estimates correlated strongly ( r = 0.78) with nominal coverage. Main Conclusions: When detection/non‐detection data are available, iSDMs provide uncertainty quantification and avoid arbitrary thresholds, two critical advantages over presence‐only SDMs for estimating range‐size metrics. We recommend iSDMs for taxonomic groups with such data, rather than degrading data to fit presence‐only SDMs.

Captive breeding in private collections is a crucial but often undocumented component of conservation for many threatened species, which can inadvertently pose risks to genetic diversity and species integrity. We used genotyping‐by‐sequencing (GBS) to conduct a genetic audit of one of the largest private collections of two threatened parrot species: the Great Green Macaw ( Ara ambiguus ) and the Military Macaw ( Ara militaris ). Among 45 individuals, our analysis uncovered critical, undocumented historical complexities. We identified seven interspecific hybrids and one morphologically misidentified purebred individual. We also detected pervasive high relatedness, with mean pairwise relatedness values for the Military Macaw ( r = 0.33) and Great Green Macaw ( r = 0.27) approaching the theoretical expectation for half‐siblings, largely driven by the discovery of highly interconnected family networks. Furthermore, we revealed cryptic substructure within the Military Macaws, tracing lineages to distinct Mexican and South American (Bolivian) origins. Together, these findings highlight the unintended consequences of historical breeding without access to genetic data, which can compromise a collection's conservation value if left unresolved. Our results demonstrate that genomic screening is an essential tool for transforming historically undocumented collections from uncharacterized genetic reservoirs into valuable conservation assets. We provide a framework for conservation practitioners to use genomic data to correct pedigrees, guide pairing decisions to minimize inbreeding, and prevent hybridization. We argue that such genomic oversight should be standard policy and practice across all ex situ conservation programs to ensure meaningful contributions to global species recovery efforts.

La mayoría de los estudios que examinan la paternidad extra-pareja (PEP) en aves se han centrado en paseriformes, y pocos se han centrado en especies de rapaces. Dado el alto nivel de inversión reproductiva del macho social y el costo para la hembra de perder este beneficio al solicitar cópulas fuera del vínculo de pareja social, se espera que la mayoría de las especies de rapaces exhiban tasas bajas de PEP, y esto es cierto para la mayoría de las rapaces estudiadas hasta la fecha. Sin embargo, pocos estudios han investigado rapaces que se reproducen en áreas urbanas, donde algunos factores ecológicos pueden influir en el comportamiento reproductivo y favorecer una mayor frecuencia de PEP. Examinamos la frecuencia de PEP en una población de Buteo lineatus que habita la matriz urbana/suburbana del sudoeste de Ohio. Durante las temporadas reproductivas de 2018 y 2019, muestreamos 181 individuos en edad reproductiva y pollos. Evaluamos la filiación genética de B. lineatus en 40 nidos en los que se muestreó a toda la nidada y a ambos progenitores genéticos putativos, y se determinó el genotipo en nueve loci micro-satélites polimórficos. No detectamos evidencia clara de PEP. En un lugar de nidificación, sin embargo, la nidada completa de cuatro pollos no fue engendrada ni por el macho adulto observado cortejando y copulando con la hembra adulta residente, ni por otro macho adulto que atendió a las crías más adelante en la temporada. Especulamos que estos datos representaron dos casos de reemplazo rápido de pareja, más que PEP por parte de un tercer macho no muestreado, ya que ninguno de los pollos fue engendrado por ninguno de los dos machos adultos observados en el nido. En otro nido, el macho adulto que atendía fue el progenitor de las nidadas completas durante dos años consecutivos, pero la hembra muestreada, que fue muestreada en el segundo año del estudio, solo fue progenitora de la nidada del segundo año; inferimos que la hembra fue reemplazada entre los dos años del estudio. Nuestros resultados sugieren que B. lineatus, al igual que la mayoría de las rapaces, es principalmente monógamo desde el punto de vista genético, y que la estructura poblacional urbana permite el reemplazo rápido de parejas en algunas situaciones. [Traducción del equipo editorial]

En toda reintroducción de fauna silvestre es fundamental determinar no solo el hábitat necesario para la especie sino también conocer donde se lo encuentra a nivel del paisaje, para poder así sostener el crecimiento poblacional de cualquier especie reintroducida. Con el fin de aportar información necesaria para apoyar los esfuerzos de reintroducción de Falco femoralis septentrionalis (clasificada como En Peligro a nivel federal), llevados a cabo actualmente en el sur de Texas, identificamos las características del hábitat asociadas con la ocupación de sitios de nidificación entre 2013 y 2020. Ademas, proyectamos cómo el hábitat modelado para esta especie podría verse afectado por la elevación del nivel del mar y el desarrollo humano hacia el año 2100. La ocupación de sitios de nidificación mostró relaciones fuertes con los pastizales y con la cobertura de vegetación leñosa. La ocupación aumentó con una mayor cobertura de pastizales, mientras que la relación con la vegetación leñosa fue variable: los halcones utilizaron sitios de nidificación con un 10–18% de cobertura leñosa, pero la ocupación disminuyó bruscamente con niveles superiores de cobertura. Los halcones también utilizaron sitios con vegetación leñosa alta y fragmentada a lo largo de zonas extensas y en parches continuos. Estos patrones sugieren una solución de compromiso en el uso del hábitat por parte de F. f. septentrionalis, en donde los arbustos y árboles dispersos pueden proporcionar opciones para perchar y cazar, pero que al mismo tiempo podrían aumentar el riesgo de depredación por búhos que utilizan ese mismo hábitat. En toda el área de estudio, aproximadamente un 29% de la superficie fue clasificada como de idoneidad media a alta, aunque solo el 18% de este hábitat se encontraba dentro de áreas protegidas. Las proyecciones indican que entre el 1.2% y 8.0% del hábitat de calidad media a alta podría perderse para el año 2100. Estos hallazgos aportan a la planificación de la conservación en curso para F. f. septentrionalis en el sur de Texas, incluyendo la restauración dirigida del hábitat (e.g., remoción de matorral) y la identificación de futuros sitios de liberación en función de la disponibilidad de hábitat. [Traducción del equipo editorial]

Genomic resources are valuable to examine historical demographic patterns and their effects to better inform management and conservation of threatened species. We evaluated population trends and genome‐wide variation in the near‐threatened Orange‐breasted Falcon (Falco deiroleucus) and its more common sister species, the Bat Falcon (F. rufigularis), to explore how the two species differ in genomic diversity as influenced by their contrasting long‐term demographic histories. We generated and aligned whole genome resequencing data for 12 Orange‐breasted Falcons and 9 Bat Falcons to an annotated Gyrfalcon (F. rusticolus) reference genome that retained approximately 22.4 million biallelic autosomal SNPs (chromosomes 1–22). Our analyses indicated much lower genomic diversity in Orange‐breasted Falcons compared to Bat Falcons. All sampled Orange‐breasted Falcons were significantly more inbred than the sampled Bat Falcons, with values similar to those observed in island‐mainland species comparisons. The distribution of runs of homozygosity showed variation suggesting long‐term low population size and the possibility of bottlenecks in Orange‐breasted Falcons contrasting with consistently larger populations in Bat Falcons. Analysis of genetic load suggests that Orange‐breasted Falcons are less likely to experience inbreeding depression than Bat Falcons due to reduced inbreeding load but are at elevated risk from fixation of deleterious gene variants and perhaps a reduced adaptive potential. These genomic analyses highlight differences in the historical demography of two closely related species that have influenced their current genomic diversity and should result in differing strategies for their continued conservation.

In efforts to prevent extinction, resource managers are often tasked with increasing genetic diversity in a population of concern to prevent inbreeding depression or improve adaptive potential in a changing environment. The assumption that all small populations require measures to increase their genetic diversity may be unwarranted, and limited resources for conservation may be better utilized elsewhere. We test this assumption in a case study focused on the peregrine falcon (Falco peregrinus), a cosmopolitan circumpolar species with 19 named subspecies. We used whole‐genome resequencing to generate over two million single nucleotide polymorphisms (SNPs) from multiple individuals of all peregrine falcon subspecies. Our analyses revealed extensive variation among subspecies, with many island‐restricted and nonmigratory populations possessing lower overall genomic diversity, elevated inbreeding coefficients (F_ROH)—among the highest reported, and extensive runs of homozygosity (ROH) compared to mainland and migratory populations. Similarly, the majority of subspecies that are either nonmigratory or restricted to islands show a much longer history of low effective population size (N_e). While mutational load analyses indicated an increased proportion of homozygous‐derived deleterious variants (i.e., drift load) among nonmigrant and island populations compared to those that are migrant or reside on the mainland, no significant differences in the proportion of heterozygous deleterious variants (i.e., inbreeding load) was observed. Our results provide evidence that high levels of inbreeding may not be an existential threat for some populations or taxa. Additional factors such as the timing and severity of population declines are important to consider in management decisions about extinction potential.

La subespecie del sur de Florida Buteo lineatus extimus es claramente más pálida y más pequeña que otras subespecies, se reproduce a un ritmo menor y puede ocupar hábitats muy diferentes, como marismas abiertas y pastizales con solo árboles dispersos. Evaluamos la diferenciación poblacional entre la población de B. l. extimus del sur de Florida y dos poblaciones orientales de B. l. lineatus de ambientes suburbanos (Cincinnati) y rurales (Hocking Hills) en el sur de Ohio. Con base en el análisis de 11 loci de microsatélites, encontramos una diferenciación genética significativa entre las poblaciones del sur de Florida y las orientales (FST = 0.077–0.097), así como una diferenciación significativa entre las dos poblaciones de la subespecie oriental (FST = 0.047). El análisis estandarizado de componentes principales de la distancia genética mostró dos grupos, con individuos de las dos poblaciones de Ohio formando un solo grupo y aquellos de Florida formando un segundo grupo. Las diferencias sustanciales entre el sur de Florida y otras subespecies sugieren que esta población merece atención y posiblemente manejo como una unidad de conservación distinta, particularmente a la luz de las posibles amenazas que incluyen la pérdida de hábitat y la exposición a rodenticidas. [Traducción del equipo editorial]

La presión de caza por parte de los humanos afectó la población de guanacos en el noroeste de la Patagonia durante el Holoceno Tardío. Un reciente estudio de ADN antiguo demuestra la disminución en el tamaño de la población de guanacos durante los últimos 2000 años AP, que es el resultado de la depresión de los recursos. En este artículo, examinamos la estructura genética de la población de guanacos durante los últimos 2000 años AP con más detalle. Se analizan 23 muestras de ADN antiguo de guanaco de toda la región. Los resultados muestran tres haplotipos comunes (1, 3 y 6) en Altoandino-Patagonia y en el Monte. En contraste, los haplotipos 2, 4 y 7 se verifican exclusivamente en las muestras de Altoandino-Patagonia que datan después de 1000 años AP. Este resultado puede representar la migración a través del flujo de genes de otra población después de 1000 años AP. Alternativamente, estos haplotipos distintivos pueden representar mutaciones que aparecieron debido a la fragmentación de la población luego del cuello de botella y a consecuencia de la interrupción del flujo de genes causado por el aumento de la presión de caza por parte de los humanos, lo que pudo desconectar las poblaciones regionales de guanaco.