Abdurrahman Aksoy

Ischaemia and reperfusion (I/R) injury results from the combined effects of restricted tissue perfusion and potentially damaging consequences of blood flow restoration. Experimental animal models are essential for investigating the cellular and molecular events underlying I/R injury; however, their outcomes are strongly influenced by the species, target organ, method and duration of vascular occlusion/ligation/clamping, reperfusion interval, anaesthetic protocol, sampling time, and analytical approach. This narrative review examines commonly used cardiac, cerebral, hepatic, renal, intestinal, pulmonary, spinal cord, and skeletal-muscle I/R models, with emphasis on their methodological characteristics and translational limitations. It also critically evaluates biomarkers and mechanistic endpoints associated with oxidative and nitrosative stress, inflammation, mitochondrial dysfunction, ionic dysregulation, autophagy, apoptosis, necroptosis, pyroptosis, and ferroptosis. Conventional measures—including malondialdehyde, antioxidant-enzyme activities, cytokines, caspases, and histopathological scores—remain widely used but often lack organ specificity and are highly dependent on sampling time and assay methodology. Emerging approaches based on microRNAs, metabolomics, proteomics, lipidomics, and mitochondrial functional measurements may improve mechanistic resolution, although most candidate markers require independent and cross-species validation. Reliable interpretation therefore requires the integration of molecular, biochemical, functional, and histological outcomes rather than reliance on a single marker. Greater standardisation of experimental design, transparent reporting, and incorporation of animal welfare and bias-reduction measures are necessary to improve reproducibility and clinical translation.

This study aimed to investigate the loss of cell viability and antioxidant effects of ketamine, propofol, and their combination, against hydrogen peroxide (H₂O₂)-induced oxidative stress in A549 cells. IC₅₀ values were determined by applying different concentrations of H₂O₂ (100-2000 µM), propofol, ketamine, and a propofol-ketamine combination (10-2000 µg/mL). Cell viability was assessed using the MTT assay after 24 h. Based on the observed reduction in metabolic activity profiles, three specific concentrations (75, 125, 250 µg/mL) were selected to evaluate the antioxidant responses. The protein levels of lysed cells were determined, and malondialdehyde (MDA), total antioxidant status (TAS), superoxide dismutase (SOD), and total glutathione (tGSH) were measured. Treatment with propofol, ketamine, and their combination was associated with lower levels of the lipid peroxidation marker MDA and with higher levels of antioxidant parameters (TAS, SOD, tGSH) under H₂O₂-induced oxidative stress, as compared with H₂O₂-only controls. The propofol-ketamine combination showed enhanced effects compared to individual treatments by further modulating antioxidant properties in A549 cells, warranting further investigation into their potential supportive roles in lung cancer models.

Hastalıkların mekanizmalarını daha iyi anlamak ve etkili tedavi yöntemleri geliştirebilmek amacıyla in vivo ve in vitro modellerin kullanımı, modern tıbbın ve biyomedikal araştırmaların temel taşlarından biri olarak kabul edilmektedir. Deney hayvanları, bilimsel araştırmalar için vazgeçilmez bir gereklilik olarak karşımıza çıkmakta ve hastalıkların patofizyolojisini anlamada kritik bir rol oynamaktadır. Nefrotoksisite, böbrek dokusunun çeşitli kimyasal maddeler veya ksenobiyotikler tarafından maruz kaldığı zararlı etkileri ifade eder. Bu durum, böbrek hasarına yol açabilecek birçok farklı madde tarafından tetiklenebilir. Örneğin, antibiyotikler (özellikle aminoglikozidler ve vankomisin), non-steroidal antiinflamatuar ilaçlar (NSAID'ler), antiviral ilaçlar, tıbbi görüntülemede kullanılan kontrast maddeler, ağır metaller (kurşun ve cıva) ve kemoterapi ilaçları, böbrek dokusu üzerinde toksik etkiye sahip maddeler arasında yer alır. Böbrekler, bu ilaçlar ve kimyasalların toksik etkilerine karşı oldukça savunmasızdır ve bu savunmasızlık, ciddi böbrek hasarlarına yol açabilir. Ksenobiyotikler, özellikle ilaçlar, akut böbrek hasarı (ABH), kronik böbrek hastalığı (KBH), akut böbrek yetmezliği (ABY) ve son dönem böbrek hastalığı (SDBH) gibi ciddi sağlık sorunlarının önde gelen nedenleri arasındadır. İlaç kaynaklı nefrotoksisite, genellikle üç ana mekanizma üzerinden incelenir: Proksimal tübüler hasar ve akut tübüler nekroz (ATN), kristal formdaki ksenobiyotik veya ilaç metabolitlerinin neden olduğu tübüler tıkanıklık ve ilaçlar ile metabolitlerinin indüklediği interstisyel nefrit. Böbrek fonksiyonlarını gösteren biyokimyasal parametrelerdeki değişiklikler, nefrotoksisitenin tanısında kritik bir rol oynar. Bu derlemede, deneysel nefrotoksisite modelleri, tanısında kullanılan biyobelirteçler ve bu biyobelirteçlerin klinik önemleri ayrıntılı olarak ele alınmıştır.

Hayvan deneyleri, hayvanların bilimsel çalışmalarda etik ilkeler doğrultusunda kontrollü olarak kullanılmasıdır. Deneysel in vivo araştırmalarda denek kullanmak bir zorunluluktur; bu yüzden deney hayvanları insan deneklere bir alternatif olmuştur. In vitro deneyler ile elde edilen verilerin klinik uygulamalardan uzak olması sebebiyle sınırlı bilgi sağlarlar. İyi tasarlanmış bir hayvan deneyi, insanlarda gelecekteki klinik deneyler için temel bilgiler sağlar. Hayvan deneyleri, hastalıklar hakkında bilgi edinilmesinde, yeni bir ilaç veya cerrahi tekniğin test edilmesinde bilime önemli katkılar sağlamıştır. Diş hekimliği alanında, özelikle de endodonti alanında da birçok çalışmada hayvan modelleri kullanılmıştır. Bu çalışmaların yapılabilmesi için öncellikli olarak uygun bir hayvan modeli ve etik ilkeler ile elde edilecek sonuçların uyarlanabilir olması gerekir. Dental anomalilerin, morfolojinin, hastalık süreci ve iyileşmesinin tüm yönlerini gösteren tek bir hayvan modeli olmadığı için, genellikle hastalık ve tedavi mekanizmaları hakkında bilgi sağlayan spesifik modeller kullanılmaktadır. Diş hekimliği araştırmalarında, maymun, köpek, tavşan, koyun, domuz, gelincik, sıçan ve fareler hayvan modelleri için kullanılmaktadır. Çalışmanın amacı, hipotezi, uygulanacak analiz teknikleri ve elde edilecek sonuçların insan için uyarlanabileceği hayvan modeli seçilmelidir. Çalışmada kullanılan deney hayvanlarının refahı, yasa ve yönetmeliklerine uygun olmalıdır ve hayvanların gereksiz acı ve sıkıntıya maruz kalmaması sağlanmalıdır. Bu derlemede, endodonti alanında hayvan modeli araştırması planlanırken hayvan modelinin seçimi, çalışmanın işleyişi ve etik kuralların uygulanması ele alınmıştır

Cryoprotectants are used to protect cells during freezing. The concentration, type, and freeze-thaw conditions of these substances vary depending on the type of cell to be used. It is very important to determine the appropriate cryopreservation method for the particular cell. This study aims to provide insights into the optimal cryopreservation method for HeLa cells by comparing the performance of different cryoprotectants and evaluating their effectiveness under various freezing and storage conditions. Cell suspensions were frozen with a freezing media composed of cryoprotectant + fetal bovine serum + medium at a ratio of 5:10:85 (v:v:v) and stored under the following conditions: 3 months (-20 °C), 1 month (-80 °C), and 6 months (-80 °C). Cell viability and recovery rates were analyzed immediately post-thaw and after 48 h using the trypan blue dye exclusion assay. In 3 months (-20 °C), viability and recovery rates were higher in the methanol group. Glycerol showed better performance in 1 month (-80 °C). DMSO was the most efficient in 6 months (-80 °C). Methanol failed at -80 °C storage temperature. This study demonstrates the effect of these cryoprotectants in HeLa cells on cell viability and cell recovery rates immediately after thawing and after 48 hours of cultivation.

Background/aim: Temporomandibular Disorders (TMD), as in the occurrence of many diseases, have been associated with oxidative stress (OS) resulting from the disruption of antioxidant mechanisms and the accumulation of reactive oxygen species in tissues. This study was designed to compare salivary and serum OS and inflammation markers of individuals with TMD and healthy subjects. Materials and methods: A prospective cross-sectional study was conducted. Twenty-seven TMD patients diagnosed with disc displacement (DD) according to Research Diagnostic Criteria for Temporomandibular Disorders (RDC/TMD) and 17 healthy subjects were enrolled in the study. Prior to any treatment, serum, and saliva samples were taken from the patients and centrifuged, and stored at -80 °C until analyzed. All samples were examined for Interleukin-6 (IL-6), Malondialdehyde (MDA), and 8-hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) concentrations. Results: There was no significant difference between the groups regarding median values of 8-OHdG, IL-6, and MDA (p > 0.05). When the relationship between serum and salivary 8-OHdG, IL-6, and MDA levels in all subjects was evaluated, there was a strong positive correlation between the levels of 8-OHdG and IL-6 in the serum (r = 0.752, p <0.001). In the study group, when the relationship between pain levels and serum and saliva 8-OHdG, IL-6, and MDA levels was assessed, a positive and strong correlation was found between the levels of 8-OHdG and IL-6 in serum. Conclusion: Although the strong correlation between pain scores and serum 8-OHdG and MDA levels supports the hypothesis that inflammation and OS mechanisms may be interrelated, according to the results of the study, inflammatory and OS markers in patients with TMD were not different from healthy individuals.

Karmaşık yapılı matrislerden, numune hazırlaması ve analizi çok sayıda işlem gerektirmesinin yanında çok miktarda masrafa neden olmaktadır. Hem numune hazırlama aşamalarını hızlandırmak ve kolaylaştırmak, hem de ortaya çıkan masrafı azaltmak için çok sayıda örnek hazırlama yöntemi ortaya konmuştur. Birçok çoklu kalıntı tarama yöntemi (MRM'ler) karmaşık, zahmetli, zaman alıcı, yüksek miktarda solvent gerektiren ve bu nedenle pahalı yöntemlerdir. Pek çok geleneksel numune hazırlama yöntemi hala kullanımda olsa da ideal olarak, çok sayıda kalıntının tarandığı yöntemlerden istenen temel özellikler; hızlı ve uygulaması kolay olması, minimum miktarda kimyasal gerektirmesi, kabul edilebilir bir seçicilik derecesi sağlaması ve tüm bunların yanında yeterince geniş bir analit spektrumunu kapsamasıdır. QuEChERS, açılımında da belirtildiği gibi gerçekleştirilmesi kolay, hızlı ve düşük maliyetli, minimum hacimde çözücü gerektiren ve geniş bir analit yelpazesinin analizini sağlayan, güvenilir sonuçlar ortaya koyan bir yöntemdir. QuEChERS ile tek bir analist, 1–3 € değerinde tek kullanımlık malzemeler kullanarak 45 dakikada 8 numune hazırlayabilir. Bu sayede laboratuvar verimliliği; işgücünün azaltılması, sarf malzeme tasarrufu, daha yüksek numune verimi ve azaltılmış atık üretimi açısından arttırılmış olur. Geliştirilmesinden itibaren 12 Haziran 2023'e kadar, Web of Science’a göre QuEChERS yöntemlerinin kullanımına ilişkin 4971 makale yayınlanmıştır. Bu araştırmalar neticesinde, çok sayıda araştırma grubu tarafından farklı matris tiplerine sahip çeşitli gıda ürünlerinde pestisitler, antibiyotikler, mikotoksinler, PAH'lar, PCB'ler gibi çeşitli kimyasal bileşiklerin analizi öncesi numune ekstraktasyonu amacıyla QuEChERS yönteminin aktif olarak kullanıldığı görülmektedir.

This study examined the production of eight key biogenic amines (methylamine, tryptamine, putrescine, cadaverine, histamine, tyramine, spermidine, and spermine) in 120 samples of farmed rainbow trout during various storage conditions, and determined any accompanying variations in pH. The main objective of this study was to identify which of the eight biogenic amines could be used as chemical markers to evaluate the quality of farmed rainbow trout. Histamine and tryptamine were not present in any of the samples, and the levels of cadaverine were inconsistent. The levels of putrescine significantly increased at 0 °C (by day 9), 2 °C (by day 8), and 4 °C (by day 4). Tyramine, spermidine, and spermine levels exhibited fluctuations but had a significant positive correlation with the levels of putrescine. The pH levels slightly increased from their initial values across all storage temperatures, with no significant variations observed. Based on the results, it can be concluded that putrescine may serve as an effective marker of the freshness of farmed rainbow trout during storage.

This study compared the cholesterol levels and shell pigments (protoporphyrin and biliverdin) of chicken (conventional and organic), quail, pheasant, and goose eggs. The material for the study was chicken (organic system - Lohmann Brown and conventional system - HyLine Brown) eggs, quail (Coturnix coturnix japonica), goose (local), and pheasant (Phasianus colchicus) eggs homogeneously selected with a subjective scoring. High-performance liquid chromatography with photodiode array detection was used to analyze the samples (HPLC-PDA). There were no significant differences in the yolk cholesterol content of eggs between species. Based on mg/g of yolk, different poultry species had comparable amounts of cholesterol. Quail eggshells contained significantly more protoporphyrin (81.92 M/g) than chicken (conventional-organic) and pheasant eggshells (P<0.01), but conventional chicken eggshells contained less protoporphyrin (10.73 M/g) than other species (P<0.01). Biliverdin was found only in the eggshells of quail (2.83 M/g) and pheasant (1.02 M/g) (P<0.01). It was observed that white shelled goose eggs had no detectable pigment. Research is required to elucidate the role of diet, age, stressor, strain, and housing systems on protoporphyrin and biliverdin pigment concentrations and cholesterol in table eggs and breeder eggs production.