Angie Atoche Puelles

Matrix vesicles (MVs), a specialized class of extracellular vesicles, play a central role in skeletal mineralization. Phosphoethanolamine/phosphocholine phosphatase 1 (PHOSPHO1) generates inorganic phosphate (Pi) within the MV lumen and is considered essential for the initiation of mineralization. This study investigated the role of PHOSPHO1 in osteoblast differentiation and MV biology using primary calvariae osteoblasts from 6-day-old wild-type (WT) and Phospho1-/- mice. Cells were cultured under osteogenic conditions for 14 and 21 days, followed by analyses of cell viability, mineralization, gene expression, MV biophysical properties, and proteomic analyses. Phospho1-/- osteoblasts exhibited threefold higher mitochondrial activity than WT cells. Mineral deposition was detected only in WT cultures at day 21, indicating impaired mineralization in the absence of PHOSPHO1. Gene expression analysis revealed increased Alpl and Smpd3, and decreased Enpp1 expression in Phospho1-/- osteoblasts. Consistent with these findings, alkaline phosphatase (ALP) activity in MVs increased 7.5-fold between days 14 and 21 in both genotypes. Atomic force microscopy of MVs derived from Phospho1-/- osteoblasts exhibited a 6.5- and 2.1-fold reduction in vesicle volume and surface roughness, respectively, compared with WT MVs. Proteomic analysis revealed reduced tissue non-specific alkaline phosphatase (TNAP) at day 14, followed by increased TNAP levels at day 21, accompanied by decreased collagen XII and collagen VI content in Phospho1-/- MV preparations. Collectively, these findings indicate that cellular adaptation is insufficient to restore mineralization in the absence of PHOSPHO1. Instead, PHOSPHO1 appears to play a critical role in establishing the molecular and biophysical properties of MVs necessary for mineral nucleation and propagation.

Este livro compila os artigos publicados na Revista BIOINFO Vol. 5 (2025). Todos os direitos autorais pertencem aos autores de cada respectivo artigo. Todavia, os autores concordam em compartilhar gratuitamente o conteúdo deste livro e incentivam sua livre distribuição (desde que os autores dos respectivos capítulos sejam corretamente citados e/ou que as leis de uso justo sejam respeitadas). Este livro está compartilhado sob a licença Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional - Não comercial (CC BY-NC 4.0). Você pode utilizar qualquer conteúdo aqui apresentado, desde que cite: Moura Junior, Adenilson Arcanjo de (org.) et al. BIOINFO #05 - Revista Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 5. Ed. Vol. 5. ISBN: 978-65-84391-01-7. Lagoa Santa: Alfahelix, 2025. doi: 10.51780/978-65-84391-01-7

Nesta quarta edição, temos a satisfação de apresentar 11 artigos aceitos para publicação, distribuídos em duas principais áreas: Educação e Pesquisa Científica. Os trabalhos abrangem diversos formatos, incluindo análises críticas, institucionais, científicas, além de relatos pessoais e tutoriais. Uma das grandes novidades desta edição é que todos os artigos foram redigidos sob a perspectiva do professorem Bioinformática, cujos autores representam diferentes níveis de ensino, desde o Ensino Médio até o Ensino Superior; esta novidade traz novas perspectivas sobre a importância e os desafios do ensino e da pesquisa no cenário educacional brasileiro.

A Revista BIOINFO é a primeira revista brasileira voltada a publicação de trabalhos de divulgação científica em bioinformática e biologia computacional, publicada em língua portuguesa e voltada ao público universitário. De setembro de 2022 a setembro de 2023, a revista recebeu mais de 24 mil visitantes únicos. No mesmo período entre os anos de 2021 e 2022, o número de visitantes foi um pouco superior a 17 mil, o que indica um aumento de mais de 40% no total de acessos. Todos esses fatores destacam a importância que a revista adquiriu recentemente. Nesta terceira edição, 26 artigos foram aceitos para a publicação. Os artigos foram publicados em 12 principais categorias. A categoria com maior número de submissões foi Bioinformática Estrutural (8), seguido por Virologia (4), Tutoriais (4), Genômica (4), Evolução (2), Ensino (2), Sequenciamento (1), Transcriptômica (1), Biologia de sistemas (1), Bioquímica (1), Bancos de dados (1) e Computação (1). Boa leitura!

O aprendizado de linguagens de programação é de extrema importância para o desenvolvimento web. Existem diversas linguagens de programação usadas em diferentes aspectos do desenvolvimento de aplicações web, e cada uma delas possui sua própria importância. Neste livro, abordaremos os passos iniciais para trabalhar com HTML, CSS, PHP e JavaScript, além do Framework CodeIgniter. Com HTML e CSS, você pode criar layouts e estilos de página que são exibidos em todos os dispositivos, desde desktops até dispositivos móveis. O PHP é uma linguagem de programação de back-end que permite criar aplicativos e scripts que podem interagir com bancos de dados, enviar e-mails e muito mais. O JavaScript é uma linguagem de programação de front-end que permite criar interações em tempo real com o usuário, como animações, validação de formulários e muito mais. Compreender essas linguagens permite aos desenvolvedores criar sites dinâmicos, interativos e personalizados que atendam às necessidades dos usuários. Além disso, o conhecimento de linguagens de programação pode levar a oportunidades de carreira em áreas relacionadas ao desenvolvimento de aplicações web.O conteúdo abordado neste livro foi baseado no conteúdo do LBS Tech, um conjunto de palestras e aulas voltadas para o ensino das tecnologias utilizadas pelo grupo de pesquisa do Laboratório de Bioinformática e Sistemas da UFMG (Universidade Federal de Minas Gerais). Cada módulo terá, junto a ele, o link do vídeo da aula correspondente, e o seu uso em conjunto com este livro permitirá um aprendizado mais completo. Bons estudos!

Bem-vindo ao mundo da programação com Python! Este livro foi cuidadosamente projetado para fornecer uma introdução abrangente e prática ao Python. Ele foi baseado no conteúdo do LBS Tech, um conjunto de palestras e aulas voltadas para o ensino das tecnologias utilizadas pelo grupo de pesquisa do Laboratório de Bioinformática e Sistemas da UFMG (Universidade Federal de Minas Gerais). Cada módulo terá, junto a ele, o link do vídeo da aula correspondente, e o seu uso junto ao livro permitirá um aprendizado mais completo. Ao longo deste livro, você irá aprender os fundamentos da programação em Python, incluindo a criação e manipulação de variáveis, estruturas condicionais e de repetição, funções e trabalhar com arquivos. Além disso, você irá explorar diversas opções de bibliotecas disponíveis e como utilizá-las. Python é uma das linguagens de programação mais populares e utilizadas atualmente, e pode ser aplicada desde a criação de jogos simples até o processamento de grandes conjuntos de dados. Por exemplo, a ciência de dados é um campo que tem crescido rapidamente nos últimos anos, e o Python é frequentemente a linguagem de escolha para análise e visualização de dados. Ao concluir este livro, você terá aprendido o básico e intermediário da linguagem, desenvolvendo habilidades necessárias para pensar em soluções para diversos problemas usando o Python. Esperamos que esteja animado para começar sua jornada de aprendizado e que você aproveite os estudos e possa aplicar seus novos conhecimentos em projetos incríveis. Bons estudos!

Aqui apresentamos a segunda edição da Revista BIOINFO. Nesta nova edição, disponibilizamos 10 novos artigos relacionados a bioinformática e a biologia computacional. BIOINFO é um projeto amplo que engloba um portal (disponível em https://www.bioinfo.com.br), uma rede de divulgação e uma revista digital focada em publicar conteúdo voltado à divulgação científica em bioinformática e biologia computacional escrito em língua portuguesa. Boa leitura!