T.K. Shakhmarova
Current Organizations / Institutes
The organizations/institutes from the scholar's latest article
Research Subjects
T.K. Shakhmarova has a total of 22 co-authors. Here are the top co-authors by number of shared publications:
- Ainur Akilzhanova
National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana 010000, Kazakhstan
5 shared publications - Zhanel Mirmanova
Center for Life Sciences, National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana, Republic of Kazakhstan
5 shared publications - Makhabbat Bekbossynova
“University Medical Center” Corporate Fund, Heart Center, Nazarbayev University, Astana, Republic of Kazakhstan
4 shared publications - Saule Rakhimova
National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana 010000, Kazakhstan
4 shared publications - Andosova S.A.
University Medical Center Corporate Fund, Heart Center, Nazarbayev University, Astana, Republic of Kazakhstan
3 shared publications - Ayaulym Chamoieva
Center for Life Sciences, National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana, Republic of Kazakhstan
3 shared publications
Latest Publications
- 30 August 2026
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 4(28),p. 38-44
OBESITY AND LEFT VENTRICULAR HYPERTROPHY IN KAZAKH WOMEN WITH CLINICALLY DIAGNOSED ATHEROSCLEROSIS
Introduction: Obesity contributes to adverse cardiometabolic changes and may promote left ventricular hypertrophy (LVH), but evidence from Central Asian populations remains limited. Objective: To evaluate the association between body mass index (BMI) and LVH and assess the discriminative ability of BMI for LVH among Kazakh women with clinically diagnosed atherosclerosis. Methods: This cross-sectional study included 153 unrelated Kazakh women aged ≥30 years with clinically diagnosed atherosclerosis. Participants were stratified by BMI into normal weight, overweight and obesity groups. Biochemical and medical data were compared between groups using Kruskal-Wallis and chi-square tests. Binary logistic regression with adjustment and receiver operating characteristic analysis were performed to assess the association between BMI and LVH. Results: Across BMI categories, triglycerides, fasting glucose, HbA1c and C-reactive protein increased significantly, while HDL-C declined. The prevalence of LVH increased from 17.2% in normal-weight women to 45.2% in obese women. Higher BMI was associated with increased odds of LVH in unadjusted analysis and persisted after adjustments. BMI alone showed modest discrimination for LVH (AUC 0.675), which improved when combined with metabolic and hypertension covariates (AUC 0.754). Conclusion: Among Kazakh women with atherosclerosis, BMI remained associated with LVH and a less favourable cardiometabolic profile. BMI functions most effectively as a risk marker when combined with established cardiovascular risk factors rather than as a standalone predictor. Введение: Ожирение способствует неблагоприятным кардиометаболическим изменениям и может приводить к развитию гипертрофии левого желудочка (ГЛЖ), однако данные о населении Центральной Азии остаются ограниченными. Цель: Оценить связь между индексом массы тела (ИМТ) и ГЛЖ, а также дискриминационную способность ИМТ в отношении выявления ГЛЖ у казахских женщин с клинически диагностированным атеросклерозом. Методы: В данное поперечное исследование были включены 153 неродственные казахские женщины в возрасте ≥30 лет с клинически диагностированным атеросклерозом. Участницы были распределены в группы с нормальной массой тела, избыточной массой тела и ожирением в зависимости от ИМТ. Клинические и биохимические характеристики сравнивали с использованием критерия Краскела–Уоллиса, критерия χ² Пирсона или точного критерия Фишера. Для оценки связи между ИМТ и ГЛЖ, а также дискриминационной способности ИМТ применяли бинарную логистическую регрессию и анализ ROC-кривых. В регрессионный анализ были включены 148 участниц с полными данными. Результаты: По мере увеличения категории ИМТ отмечалось значимое повышение уровней триглицеридов, глюкозы натощак, HbA1c и С-реактивного белка, тогда как уровень холестерина липопротеинов высокой плотности снижался. Распространённость ГЛЖ увеличилась с 17,2% у женщин с нормальной массой тела до 45,2% у женщин с ожирением. Более высокий ИМТ был связан с увеличением шансов наличия ГЛЖ, и данная связь сохранялась после поправки на возраст, степень артериальной гипертензии, функцию почек и метаболические факторы (ОШ на увеличение ИМТ на 1 кг/м² — 1,08; 95% ДИ: 1,00–1,17; p=0,041). ИМТ отдельно продемонстрировал умеренную дискриминационную способность в отношении ГЛЖ (AUC 0,675), которая повысилась при включении ИМТ в модель вместе с клиническими и метаболическими показателями (AUC 0,754). Заключение: У казахских женщин с атеросклерозом более высокий ИМТ был связан с ГЛЖ и менее благоприятным кардиометаболическим профилем. ИМТ может использоваться как простой маркер сердечно-сосудистого риска в сочетании с установленными клиническими и метаболическими факторами риска, однако его дискриминационная способность как самостоятельного маркера ограничена. Кіріспе: Семіздік қолайсыз кардиометаболикалық өзгерістерге ықпал етеді және сол жақ қарынша гипертрофиясының (СҚГ) дамуына әкелуі мүмкін, бірақ Орталық Азия халқы туралы деректер шектеулі болып қала...
- 30 August 2026
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 4(28),p. 38-44
OBESITY AND LEFT VENTRICULAR HYPERTROPHY IN KAZAKH WOMEN WITH CLINICALLY DIAGNOSED ATHEROSCLEROSIS
Introduction: Obesity contributes to adverse cardiometabolic changes and may promote left ventricular hypertrophy (LVH), but evidence from Central Asian populations remains limited. Objective: To evaluate the association between body mass index (BMI) and LVH and assess the discriminative ability of BMI for LVH among Kazakh women with clinically diagnosed atherosclerosis. Methods: This cross-sectional study included 153 unrelated Kazakh women aged ≥30 years with clinically diagnosed atherosclerosis. Participants were stratified by BMI into normal weight, overweight and obesity groups. Biochemical and medical data were compared between groups using Kruskal-Wallis and chi-square tests. Binary logistic regression with adjustment and receiver operating characteristic analysis were performed to assess the association between BMI and LVH. Results: Across BMI categories, triglycerides, fasting glucose, HbA1c and C-reactive protein increased significantly, while HDL-C declined. The prevalence of LVH increased from 17.2% in normal-weight women to 45.2% in obese women. Higher BMI was associated with increased odds of LVH in unadjusted analysis and persisted after adjustments. BMI alone showed modest discrimination for LVH (AUC 0.675), which improved when combined with metabolic and hypertension covariates (AUC 0.754). Conclusion: Among Kazakh women with atherosclerosis, BMI remained associated with LVH and a less favourable cardiometabolic profile. BMI functions most effectively as a risk marker when combined with established cardiovascular risk factors rather than as a standalone predictor. Введение: Ожирение способствует неблагоприятным кардиометаболическим изменениям и может приводить к развитию гипертрофии левого желудочка (ГЛЖ), однако данные о населении Центральной Азии остаются ограниченными. Цель: Оценить связь между индексом массы тела (ИМТ) и ГЛЖ, а также дискриминационную способность ИМТ в отношении выявления ГЛЖ у казахских женщин с клинически диагностированным атеросклерозом. Методы: В данное поперечное исследование были включены 153 неродственные казахские женщины в возрасте ≥30 лет с клинически диагностированным атеросклерозом. Участницы были распределены в группы с нормальной массой тела, избыточной массой тела и ожирением в зависимости от ИМТ. Клинические и биохимические характеристики сравнивали с использованием критерия Краскела–Уоллиса, критерия χ² Пирсона или точного критерия Фишера. Для оценки связи между ИМТ и ГЛЖ, а также дискриминационной способности ИМТ применяли бинарную логистическую регрессию и анализ ROC-кривых. В регрессионный анализ были включены 148 участниц с полными данными. Результаты: По мере увеличения категории ИМТ отмечалось значимое повышение уровней триглицеридов, глюкозы натощак, HbA1c и С-реактивного белка, тогда как уровень холестерина липопротеинов высокой плотности снижался. Распространённость ГЛЖ увеличилась с 17,2% у женщин с нормальной массой тела до 45,2% у женщин с ожирением. Более высокий ИМТ был связан с увеличением шансов наличия ГЛЖ, и данная связь сохранялась после поправки на возраст, степень артериальной гипертензии, функцию почек и метаболические факторы (ОШ на увеличение ИМТ на 1 кг/м² — 1,08; 95% ДИ: 1,00–1,17; p=0,041). ИМТ отдельно продемонстрировал умеренную дискриминационную способность в отношении ГЛЖ (AUC 0,675), которая повысилась при включении ИМТ в модель вместе с клиническими и метаболическими показателями (AUC 0,754). Заключение: У казахских женщин с атеросклерозом более высокий ИМТ был связан с ГЛЖ и менее благоприятным кардиометаболическим профилем. ИМТ может использоваться как простой маркер сердечно-сосудистого риска в сочетании с установленными клиническими и метаболическими факторами риска, однако его дискриминационная способность как самостоятельного маркера ограничена. Кіріспе: Семіздік қолайсыз кардиометаболикалық өзгерістерге ықпал етеді және сол жақ қарынша гипертрофиясының (СҚГ) дамуына әкелуі мүмкін, бірақ Орталық Азия халқы туралы деректер шектеулі болып қала...
- Open Access
- 30 October 2025
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(27),p. 7-15
GENETIC VARIANTS IN LIPID-ASSOCIATED GENES IN THE KAZAKHSTANI COHORT WITH ATHEROSCLEROSIS AND HYPERTRIGLYCERIDEMIA
Introduction. Cardiovascular diseases, including atherosclerosis (AS), are the leading cause of morbidity and mortality worldwide, including in Kazakhstan. Lipid metabolism disorders, in particular, hypertriglyceridemia, which is recognized as an independent risk factor, play an important role in the development of AS. Genetic features associated with genes regulating lipid and carbohydrate metabolism (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE) have a significant impact on the formation of dyslipidemia and determine individual metabolic characteristics. Studying the prevalence and effects of these genetic variants in the Kazakh population is particularly important, given its underrepresentation in global genetic research. Aim. The objective of this study was to study the frequency of genetic polymorphisms in genes involved in the regulation of lipid metabolism (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE) in a group of Kazakhstani patients with hypertriglyceridemia and atherosclerosis. Additionally, we analyzed the relationship of the identified genetic variants with the biochemical parameters of the lipid profile. Materials and methods. The study analyzed data from 402 patients with cardiovascular diseases, 144 of whom had hypertriglyceridemia. To identify the genetic determinants of lipid metabolism disorders, full-exome sequencing was performed with a focus analysis of the GCKR, SLC22A5, LPL, and FLCN genes. The identified genetic variants were annotated and classified according to the recommendations of ACMG/AMP. The association of genetic polymorphisms with lipid profile parameters in patients with AS was studied. Results. Sequencing of the entire exome of patients with varying degrees of cardiovascular risk revealed genetic variations affecting triglyceride metabolism. Elevated triglyceride levels were reported in patients of all risk categories, with the highest frequency in very high-risk individuals (82 patients). Analysis of the lipid profile showed that total cholesterol was significantly higher in the high-risk group compared with the low-risk group (228.8±35.2 versus 207.8±30.3 mg/dl; p=0.0467). The level of HDL-C showed an inverse relationship with the level of risk, being the lowest in the very high-risk group (44.6±10.5 versus 50.1±9.9 mg/dl; p=0.0411). Although LDL and non-lipoprotein cholesterol did not show statistically significant differences, there was a tendency to increase them. Triglycerides also tended to increase, but without achieving statistical significance (p>0.05). There was a significant decrease in apolipoprotein A at high risk (p0.05). Conclusions. The study did not reveal a statistically significant association between APOE (p.T388C) and GCKR genotypes with cardiovascular risk. Larger-scale studies are required, taking into account additional factors and an increased sample size. Введение. Сердечно-сосудистые заболевания, в том числе атеросклероз (АС), являются основной причиной заболеваемости и смертности во всем мире, включая Казахстан. Важную роль в развитии АС играют нарушения липидного обмена, в частности, гипертриглицеридемия, которая признана самостоятельным фактором риска. Генетические особенности, связанные с генами, регулирующими метаболизм липидов и углеводов (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE), оказывают значительное влияние на формирование дислипидемий и определяют индивидуальные метаболические характеристики. Изучение распространенности и влияния этих генетических вариантов в казахстанской популяции особенно важно, учитывая ее ограниченное представительство в глобальных генетических исследованиях. Целью данного исследования было изучить частоты встречаемости генетических полиморфизмов в генах, участвующих в регуляции липидного обмена (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE), в группе казахстанских пациентов с гипертриглицеридемией и атеросклерозом. Дополнительно мы анализировали взаимосвязь выявленных генетических вариантов с биохимическими параметрами липидного профиля. Материал и методы. В рамках исследования были проанализированы данные 402 пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями, из которых 144 имели гипертриглицеридемию. Для выявления генетических детерминант нарушений липидного обмена было выполнено полноэкзомное секвенирование с анализом генов GCKR, SLC22A5, LPL и FLCN. Выявленные генетические варианты были аннотированы и классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG/AMP. Проведена оценка ассоциации генетических полиморфизмов с нарушениями липидного профиля в казахстанской популяции пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями....
- 30 October 2025
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(27),p. 7-15
Open AccessGENETIC VARIANTS IN LIPID-ASSOCIATED GENES IN THE KAZAKHSTANI COHORT WITH ATHEROSCLEROSIS AND HYPERTRIGLYCERIDEMIA
Introduction. Cardiovascular diseases, including atherosclerosis (AS), are the leading cause of morbidity and mortality worldwide, including in Kazakhstan. Lipid metabolism disorders, in particular, hypertriglyceridemia, which is recognized as an independent risk factor, play an important role in the development of AS. Genetic features associated with genes regulating lipid and carbohydrate metabolism (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE) have a significant impact on the formation of dyslipidemia and determine individual metabolic characteristics. Studying the prevalence and effects of these genetic variants in the Kazakh population is particularly important, given its underrepresentation in global genetic research. Aim. The objective of this study was to study the frequency of genetic polymorphisms in genes involved in the regulation of lipid metabolism (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE) in a group of Kazakhstani patients with hypertriglyceridemia and atherosclerosis. Additionally, we analyzed the relationship of the identified genetic variants with the biochemical parameters of the lipid profile. Materials and methods. The study analyzed data from 402 patients with cardiovascular diseases, 144 of whom had hypertriglyceridemia. To identify the genetic determinants of lipid metabolism disorders, full-exome sequencing was performed with a focus analysis of the GCKR, SLC22A5, LPL, and FLCN genes. The identified genetic variants were annotated and classified according to the recommendations of ACMG/AMP. The association of genetic polymorphisms with lipid profile parameters in patients with AS was studied. Results. Sequencing of the entire exome of patients with varying degrees of cardiovascular risk revealed genetic variations affecting triglyceride metabolism. Elevated triglyceride levels were reported in patients of all risk categories, with the highest frequency in very high-risk individuals (82 patients). Analysis of the lipid profile showed that total cholesterol was significantly higher in the high-risk group compared with the low-risk group (228.8±35.2 versus 207.8±30.3 mg/dl; p=0.0467). The level of HDL-C showed an inverse relationship with the level of risk, being the lowest in the very high-risk group (44.6±10.5 versus 50.1±9.9 mg/dl; p=0.0411). Although LDL and non-lipoprotein cholesterol did not show statistically significant differences, there was a tendency to increase them. Triglycerides also tended to increase, but without achieving statistical significance (p>0.05). There was a significant decrease in apolipoprotein A at high risk (p0.05). Conclusions. The study did not reveal a statistically significant association between APOE (p.T388C) and GCKR genotypes with cardiovascular risk. Larger-scale studies are required, taking into account additional factors and an increased sample size. Введение. Сердечно-сосудистые заболевания, в том числе атеросклероз (АС), являются основной причиной заболеваемости и смертности во всем мире, включая Казахстан. Важную роль в развитии АС играют нарушения липидного обмена, в частности, гипертриглицеридемия, которая признана самостоятельным фактором риска. Генетические особенности, связанные с генами, регулирующими метаболизм липидов и углеводов (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE), оказывают значительное влияние на формирование дислипидемий и определяют индивидуальные метаболические характеристики. Изучение распространенности и влияния этих генетических вариантов в казахстанской популяции особенно важно, учитывая ее ограниченное представительство в глобальных генетических исследованиях. Целью данного исследования было изучить частоты встречаемости генетических полиморфизмов в генах, участвующих в регуляции липидного обмена (GCKR, SLC22A5, LPL, FLCN, LDLR, APOE), в группе казахстанских пациентов с гипертриглицеридемией и атеросклерозом. Дополнительно мы анализировали взаимосвязь выявленных генетических вариантов с биохимическими параметрами липидного профиля. Материал и методы. В рамках исследования были проанализированы данные 402 пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями, из которых 144 имели гипертриглицеридемию. Для выявления генетических детерминант нарушений липидного обмена было выполнено полноэкзомное секвенирование с анализом генов GCKR, SLC22A5, LPL и FLCN. Выявленные генетические варианты были аннотированы и классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG/AMP. Проведена оценка ассоциации генетических полиморфизмов с нарушениями липидного профиля в казахстанской популяции пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями....
- Open Access
- 30 October 2025
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(27),p. 16-23
CLONAL HEMATOPOIESIS WITH INDETERMINATE POTENTIAL IN TET2 AND DNMT3A AMONG KAZAKHSTANI INDIVIDUALS WITH ATHEROSCLEROTIC DISEASE
Purpose of the study: To assess the contribution of clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) to the development of atherosclerotic disease in the Kazakhstani cohort, focusing on TET2 and DNMT3A genes, based on next-generation sequencing (NGS) data. Materials and Methods: This study employed an observational cross-sectional design. The cohort comprised 177 women and 225 men, with a mean age of 53.0 ± 9.04 years overall (men: 52.2 ± 9.0 years; women: 53.7 ± 9.0 years). Patients were stratified by degree of cardiovascular risk category (low, high, very high) according to the ESC/EAS (2019) recommendations. In this sample, 74 participants (18.4%) were classified as low-risk, 136 (33.8%) as high-risk, and 192 (47.8%) as very high-risk. For the initial phase of analysis, the two most studied genes, TET2 and DNMT3A, were selected from a total list of 8 priority genes: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2, and TP53associated with CHIP, based on their high clinical significance and frequency of occurrence in previously published studies. By filtering the data and selecting two priority genes for primary analysis, 41 patients with atherosclerotic disease were selected from the total cohort. Genetic analyses were performed using high-throughput whole-exome sequencing to cover a wide range of genetic variants potentially associated with CHIP and the atherosclerotic process. Variant annotation was performed using international databases (ClinVar, ExAC, 1000 Genomes, etc.), and mutations were interpreted according to the ACMG/AMP classification using the InterVar platform. Statistical data processing included the nonparametric Kruskal-Wallis test, Dunn's test for pairwise comparisons, and Fisher's exact test; a value of p < 0.05 was considered statistically significant. Results: Variants were detected in TET2 (n=35) and DNMT3A (n=6). The median VAF value for TET2 was 50%. The age of patients differed significantly between risk groups (p = 0.026). Most of the variants detected had an ultra-rare frequency according to international databases (<0.1%). One pathogenic variant was identified according to the InterVar classification; the others were predominantly of uncertain significance (VUS). The distribution of variants by risk groups showed no statistically significant differences (p = 0.341). Conclusions: The results demonstrate a potential role of CHIP-associated mutations in the pathogenesis of atherosclerosis. Mutations in TET2 were found to be the most significant. Given the identified genetic features and their association with cardiovascular risk, the findings justify extending the analysis to the full spectrum of CHIP-associated genes to improve the accuracy of risk stratification. Цель исследования: Оценить вклад клонального гемопоэза неопределенного потенциала (КГНП) в развитие атеросклеротического заболевания в казахстанской когорте с упором на гены TET2 и DNMT3A на основе данных секвенирования нового поколения (NGS). Материалы и методы: Проведено обсервационное поперечное исследование. Когорта состояла из 177 женщин и 225 мужчин, средний возраст которых в целом составил 53,0 ± 9,04 года (мужчины: 52,2 ± 9,0 года; женщины: 53,7 ± 9,0 года). Пациенты были распределены по категориям сердечно-сосудистого риска (низкий, высокий, очень высокий) в соответствии с рекомендациями ESC/EAS(2019). В этой выборке 74 участника (18,4%) были отнесены к группе низкого риска, 136 (33,8%) – к группе высокого риска и 192 (47,8%) – к группе очень высокого риска. Для начальной фазы анализа два наиболее изученных гена, TET2 и DNMT3A, были выбраны из общего списка из 8 приоритетных генов: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2 и TP53, ассоциированных с КГНП, на основании их высокой клинической значимости и частоты встречаемости в ранее изученных исследованиях. опубликованные исследования. Путем фильтрации данных и выбора двух приоритетных генов для первичного анализа из общей когорты был отобран 41 пациент с атеросклеротическим заболеванием. Генетический анализ был проведен с использованием высокопроизводительного секвенирования всего экзома (NGS, whole-exome sequencing), чтобы охватить широкий спектр генетических вариантов, потенциально связанных с КГНП и атеросклеротическим процессом. Аннотирование вариантов проводилось с использованием международных баз данных (ClinVar, ExAC, 1000 геномов и др.), а мутации интерпретировались в соответствии с классификацией ACMG/AMP с использованием платформы InterVar. Статистическая обработка данных включала непараметрический критерий Крускала-Уоллиса, критерий Данна для парных...
- 30 October 2025
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(27),p. 16-23
Open AccessCLONAL HEMATOPOIESIS WITH INDETERMINATE POTENTIAL IN TET2 AND DNMT3A AMONG KAZAKHSTANI INDIVIDUALS WITH ATHEROSCLEROTIC DISEASE
Purpose of the study: To assess the contribution of clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) to the development of atherosclerotic disease in the Kazakhstani cohort, focusing on TET2 and DNMT3A genes, based on next-generation sequencing (NGS) data. Materials and Methods: This study employed an observational cross-sectional design. The cohort comprised 177 women and 225 men, with a mean age of 53.0 ± 9.04 years overall (men: 52.2 ± 9.0 years; women: 53.7 ± 9.0 years). Patients were stratified by degree of cardiovascular risk category (low, high, very high) according to the ESC/EAS (2019) recommendations. In this sample, 74 participants (18.4%) were classified as low-risk, 136 (33.8%) as high-risk, and 192 (47.8%) as very high-risk. For the initial phase of analysis, the two most studied genes, TET2 and DNMT3A, were selected from a total list of 8 priority genes: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2, and TP53associated with CHIP, based on their high clinical significance and frequency of occurrence in previously published studies. By filtering the data and selecting two priority genes for primary analysis, 41 patients with atherosclerotic disease were selected from the total cohort. Genetic analyses were performed using high-throughput whole-exome sequencing to cover a wide range of genetic variants potentially associated with CHIP and the atherosclerotic process. Variant annotation was performed using international databases (ClinVar, ExAC, 1000 Genomes, etc.), and mutations were interpreted according to the ACMG/AMP classification using the InterVar platform. Statistical data processing included the nonparametric Kruskal-Wallis test, Dunn's test for pairwise comparisons, and Fisher's exact test; a value of p < 0.05 was considered statistically significant. Results: Variants were detected in TET2 (n=35) and DNMT3A (n=6). The median VAF value for TET2 was 50%. The age of patients differed significantly between risk groups (p = 0.026). Most of the variants detected had an ultra-rare frequency according to international databases (<0.1%). One pathogenic variant was identified according to the InterVar classification; the others were predominantly of uncertain significance (VUS). The distribution of variants by risk groups showed no statistically significant differences (p = 0.341). Conclusions: The results demonstrate a potential role of CHIP-associated mutations in the pathogenesis of atherosclerosis. Mutations in TET2 were found to be the most significant. Given the identified genetic features and their association with cardiovascular risk, the findings justify extending the analysis to the full spectrum of CHIP-associated genes to improve the accuracy of risk stratification. Цель исследования: Оценить вклад клонального гемопоэза неопределенного потенциала (КГНП) в развитие атеросклеротического заболевания в казахстанской когорте с упором на гены TET2 и DNMT3A на основе данных секвенирования нового поколения (NGS). Материалы и методы: Проведено обсервационное поперечное исследование. Когорта состояла из 177 женщин и 225 мужчин, средний возраст которых в целом составил 53,0 ± 9,04 года (мужчины: 52,2 ± 9,0 года; женщины: 53,7 ± 9,0 года). Пациенты были распределены по категориям сердечно-сосудистого риска (низкий, высокий, очень высокий) в соответствии с рекомендациями ESC/EAS(2019). В этой выборке 74 участника (18,4%) были отнесены к группе низкого риска, 136 (33,8%) – к группе высокого риска и 192 (47,8%) – к группе очень высокого риска. Для начальной фазы анализа два наиболее изученных гена, TET2 и DNMT3A, были выбраны из общего списка из 8 приоритетных генов: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2 и TP53, ассоциированных с КГНП, на основании их высокой клинической значимости и частоты встречаемости в ранее изученных исследованиях. опубликованные исследования. Путем фильтрации данных и выбора двух приоритетных генов для первичного анализа из общей когорты был отобран 41 пациент с атеросклеротическим заболеванием. Генетический анализ был проведен с использованием высокопроизводительного секвенирования всего экзома (NGS, whole-exome sequencing), чтобы охватить широкий спектр генетических вариантов, потенциально связанных с КГНП и атеросклеротическим процессом. Аннотирование вариантов проводилось с использованием международных баз данных (ClinVar, ExAC, 1000 геномов и др.), а мутации интерпретировались в соответствии с классификацией ACMG/AMP с использованием платформы InterVar. Статистическая обработка данных включала непараметрический критерий Крускала-Уоллиса, критерий Данна для парных...
- Open Access
- 31 October 2024
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(26),p. 141-149
CHARACTERIZING THE ROLE OF ABCG5/G8 IN SITOSTEROLEMIA: DIAGNOSTIC CHALLENGES IN DIFFERENTIATING FROM FAMILIAL HYPERCHOLESTEROLEMIA
Introduction. Sitosterolemia is a rare genetic disorder directly associated with dysfunction of ABCG5 and G8 genes. The data obtained was used to analyze the cellular mechanisms and the role of transporters in absorption and excretion of serum sterols. Thus, to understand the influence of mutations on the development of cardiovascular disease. Aim. To investigate the clinical manifestation between sitosterolemia and familial hypercholesterolemia (FH), focusing on how dysfunctions of transporters lead to the misdiagnosis of sitosterolemia as FH. Research Strategy.The data collection was conducted by searching research papers in English based on lipidology. The search strategy identified 118 papers, of which 42 were selected that meet established inclusion criteria: full-text publications in English, meta-analyses, cohort studies, experiments on mice, whereas established exclusion criteria: research papers in other languages, promotional articles, conferences, short reports. The research papers reviewed the span from 1970 to 2022. Results. Inactivation of genes causes the dysregulation of sterols. FH is characterized by elevated low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C), whereas sitosterolemia presents with moderate elevation in LDL-C but dramatic increase in phytosterols. The phenotypic overlap between sitosterolemia and FH complicates detection. Both disorders manifest cardiovascular complications with elevated total cholesterol (TC) levels. The lipid profile distinguishes these conditions, necessitating HPLC, GC-MS tools. Genetic testing for mutations is essential for confirmation. The findings suggest that sitosterolemia mimics the FH state. FH is managed primarily with statins, while sitosterolemia requires ezetimibe. In addition, dietary modifications that reduce the intake of plant sterols are recommended. Conclusion. This review highlights ABCG5 and ABCG8 mutations that impair sterol transport, causing plant sterol accumulation. The condition often leads to xanthomas and early coronary artery disease. A major diagnostic challenge is the overlap with FH, as similar lipid abnormalities can obscure proper diagnosis. Введение. Ситостеролемия - это редкое генетическое заболевание, непосредственно связанное с дисфункцией генов ABCG5 и ABCG8. Полученные данные использовались для анализа клеточных механизмов и роли транспортёров в абсорбции и выведении стеролов из организма. Таким образом, целью исследования является понимание влияния мутаций на развитие сердечно-сосудистых заболеваний. Цель. Изучить клинические проявления ситостеролемии и семейной гиперхолестеринемии (СГ), с акцентом на то, как дисфункции транспортёров приводят к ошибочной диагнозу ситостеролемии как СГ. Стратегия поиска. Сбор данных осуществлялся путём поиска научных статей на английском языке, посвящённых липидологии. В ходе поиска было выявлено 118 публикаций, из которых 42 статьи соответствовали установленным критериям включения: полнотекстовые публикации на английском языке, метаанализы, исследования пациентов, эксперименты на мышах. Исключались статьи на других языках, рекламные материалы, материалы конференций и краткие отчёты. Обзор охватывал исследования, опубликованные в период с 1970 по 2022 годы. Результаты. Инактивация генов приводит к дисрегуляции транспорта стеролов. Для СГ характерно повышение уровня липопротеинов низкой плотности (ЛПНП), в то время как ситостеролемия сопровождается умеренным увеличением ЛПНП, но значительным повышением уровня фитостеролов. Фенотипическое сходство между ситостеролемией и СГ затрудняет их диагностику. Оба заболевания сопровождаются сердечно-сосудистыми осложнениями и повышением общего холестерина (ОХ). Липидный профиль позволяет различать эти состояния, для чего требуются такие методы, как ВЭЖХ и ГХ-МС. Генетическое тестирование на наличие мутаций является необходимым для подтверждения диагноза. Полученные данные показывают, что ситостеролемия имитирует состояние, схожее с СГ. Основной метод лечения СГ — использование статинов, тогда как для ситостеролемии требуется назначение эзетимиба. Кроме того, рекомендуется изменение рациона с ограничением потребления растительных стеролов. Вывод. Обзор подчеркивает, что мутации в генах ABCG5 и ABCG8, нарушающие...
- 31 October 2024
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 5(26),p. 141-149
Open AccessCHARACTERIZING THE ROLE OF ABCG5/G8 IN SITOSTEROLEMIA: DIAGNOSTIC CHALLENGES IN DIFFERENTIATING FROM FAMILIAL HYPERCHOLESTEROLEMIA
Introduction. Sitosterolemia is a rare genetic disorder directly associated with dysfunction of ABCG5 and G8 genes. The data obtained was used to analyze the cellular mechanisms and the role of transporters in absorption and excretion of serum sterols. Thus, to understand the influence of mutations on the development of cardiovascular disease. Aim. To investigate the clinical manifestation between sitosterolemia and familial hypercholesterolemia (FH), focusing on how dysfunctions of transporters lead to the misdiagnosis of sitosterolemia as FH. Research Strategy.The data collection was conducted by searching research papers in English based on lipidology. The search strategy identified 118 papers, of which 42 were selected that meet established inclusion criteria: full-text publications in English, meta-analyses, cohort studies, experiments on mice, whereas established exclusion criteria: research papers in other languages, promotional articles, conferences, short reports. The research papers reviewed the span from 1970 to 2022. Results. Inactivation of genes causes the dysregulation of sterols. FH is characterized by elevated low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C), whereas sitosterolemia presents with moderate elevation in LDL-C but dramatic increase in phytosterols. The phenotypic overlap between sitosterolemia and FH complicates detection. Both disorders manifest cardiovascular complications with elevated total cholesterol (TC) levels. The lipid profile distinguishes these conditions, necessitating HPLC, GC-MS tools. Genetic testing for mutations is essential for confirmation. The findings suggest that sitosterolemia mimics the FH state. FH is managed primarily with statins, while sitosterolemia requires ezetimibe. In addition, dietary modifications that reduce the intake of plant sterols are recommended. Conclusion. This review highlights ABCG5 and ABCG8 mutations that impair sterol transport, causing plant sterol accumulation. The condition often leads to xanthomas and early coronary artery disease. A major diagnostic challenge is the overlap with FH, as similar lipid abnormalities can obscure proper diagnosis. Введение. Ситостеролемия - это редкое генетическое заболевание, непосредственно связанное с дисфункцией генов ABCG5 и ABCG8. Полученные данные использовались для анализа клеточных механизмов и роли транспортёров в абсорбции и выведении стеролов из организма. Таким образом, целью исследования является понимание влияния мутаций на развитие сердечно-сосудистых заболеваний. Цель. Изучить клинические проявления ситостеролемии и семейной гиперхолестеринемии (СГ), с акцентом на то, как дисфункции транспортёров приводят к ошибочной диагнозу ситостеролемии как СГ. Стратегия поиска. Сбор данных осуществлялся путём поиска научных статей на английском языке, посвящённых липидологии. В ходе поиска было выявлено 118 публикаций, из которых 42 статьи соответствовали установленным критериям включения: полнотекстовые публикации на английском языке, метаанализы, исследования пациентов, эксперименты на мышах. Исключались статьи на других языках, рекламные материалы, материалы конференций и краткие отчёты. Обзор охватывал исследования, опубликованные в период с 1970 по 2022 годы. Результаты. Инактивация генов приводит к дисрегуляции транспорта стеролов. Для СГ характерно повышение уровня липопротеинов низкой плотности (ЛПНП), в то время как ситостеролемия сопровождается умеренным увеличением ЛПНП, но значительным повышением уровня фитостеролов. Фенотипическое сходство между ситостеролемией и СГ затрудняет их диагностику. Оба заболевания сопровождаются сердечно-сосудистыми осложнениями и повышением общего холестерина (ОХ). Липидный профиль позволяет различать эти состояния, для чего требуются такие методы, как ВЭЖХ и ГХ-МС. Генетическое тестирование на наличие мутаций является необходимым для подтверждения диагноза. Полученные данные показывают, что ситостеролемия имитирует состояние, схожее с СГ. Основной метод лечения СГ — использование статинов, тогда как для ситостеролемии требуется назначение эзетимиба. Кроме того, рекомендуется изменение рациона с ограничением потребления растительных стеролов. Вывод. Обзор подчеркивает, что мутации в генах ABCG5 и ABCG8, нарушающие...
- Open Access
- 28 December 2023
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 6(25),p. 161-170
КЛОНАЛЬНЫЙ ГЕМОПОЭЗ С НЕОПРЕДЕЛЕННЫМ ПОТЕНЦИАЛОМ И РИСК РАЗВИТИЯ ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА
Введение. Изучение клонального гемопоэза с неопределенным потенциалом (КГНП) и ее возможной связи с ишемической болезнью сердца (ИБС) представляет собой активно развивающуюся область научных исследований в медицине. КГНП относится к явлению возникновения клеточных клонов кроветворной системы с неопределенным потенциалом дальнейшей трансформации. Понимание связи между этим явлением и развитием ишемической болезни сердца имеет важное значение для выявления новых факторов риска и разработки эффективных методов профилактики и лечения данного заболевания. Цель. По данным обзора литературы рассмотреть ассоциацию между клональным гемопоэзом неопределенного потенциала (КГНП) и клональным гемопоэзом (КГ) в коронарной микрососудистой дисфункцией (КМД) и потенциальной взаимосвязи в риске сердечно-сосудистых заболеваний (ССЗ). Стратегия поиска. Поиск источников был произведен в базах данных доказательной медицины: Embase, Scopus и PubMed, по ключевым словам. Релевантный поиск выдал 88 статей, представляющих собой разнообразный научный материал по теме. Из этого обширного списка были отобраны 54 статьи, удовлетворяющие строго установленным критериям включения: полнотекстовые публикации на английском языке, мета-анализы, когортные исследования, использованные статистические методы. Эти критерии были заданы заранее для обеспечения высокого уровня доказательности и научной обоснованности выбора источников. Для дополнительного уточнения и повышения качества отобранных источников были применены критерии исключения: краткие отчеты, рекламные статьи и работы на языках, не входящих в лингвистические компетенции исследователей. Этот этап отбора помог избежать источников, не соответствующих требованиям научной обоснованности. Глубина поиска составила 12 лет (2012-2023). Результаты. Клональный гемопоэз неопределённого потенциала (КГНП) стал предметом исследований в более ранние годы, но основные исследования и обсуждение по теме начали активно развиваться в научной литературе в последние десятилетия. Благодаря усовершенствованным методам секвенирования генома и молекулярной диагностики интерес к КГНП и его связи с различными заболеваниями, включая сердечно-сосудистые, онкологические и другие увеличился. Предполагается, что клональный гемопотоэз может быть модифицируемым фактором риска, возможно, за счет применения препаратов, снижающих уровень холестерина, или воздействия на специфические воспалительные пути. Исследования связывают мутации в генах DNMT3A, TET2, ASXL1 и JAK2 с коронарной болезнью сердца, у носителей КГНП с данными мутациями выявлен повышенный уровень кальцификации коронарных артерий, что является маркером атеросклеротической нагрузки. Результаты исследований показывают, что лица, имеющие КГНП, выявленные среди пожилых людей имеют более высокий риск развития ишемической болезни сердца (ИБС) и гематологических заболеваний по сравнению с носителями этих мутаций, но моложе возрастом. Эти выводы подчеркивают значимость КГНП как фактора риска для развития ИБС и гематологических заболеваний, особенно среди пожилого населения. Выводы. Наличие клонального гемопоэза опосредует почти одну треть риска неблагоприятных сердечно-сосудистых исходов при коронарной болезни сердца. Необходимы дальнейшие исследования для...
- 28 December 2023
- Published by Semey Medical University in Наука и здравоохранение
- No. 6(25),p. 161-170
Open AccessКЛОНАЛЬНЫЙ ГЕМОПОЭЗ С НЕОПРЕДЕЛЕННЫМ ПОТЕНЦИАЛОМ И РИСК РАЗВИТИЯ ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА
Введение. Изучение клонального гемопоэза с неопределенным потенциалом (КГНП) и ее возможной связи с ишемической болезнью сердца (ИБС) представляет собой активно развивающуюся область научных исследований в медицине. КГНП относится к явлению возникновения клеточных клонов кроветворной системы с неопределенным потенциалом дальнейшей трансформации. Понимание связи между этим явлением и развитием ишемической болезни сердца имеет важное значение для выявления новых факторов риска и разработки эффективных методов профилактики и лечения данного заболевания. Цель. По данным обзора литературы рассмотреть ассоциацию между клональным гемопоэзом неопределенного потенциала (КГНП) и клональным гемопоэзом (КГ) в коронарной микрососудистой дисфункцией (КМД) и потенциальной взаимосвязи в риске сердечно-сосудистых заболеваний (ССЗ). Стратегия поиска. Поиск источников был произведен в базах данных доказательной медицины: Embase, Scopus и PubMed, по ключевым словам. Релевантный поиск выдал 88 статей, представляющих собой разнообразный научный материал по теме. Из этого обширного списка были отобраны 54 статьи, удовлетворяющие строго установленным критериям включения: полнотекстовые публикации на английском языке, мета-анализы, когортные исследования, использованные статистические методы. Эти критерии были заданы заранее для обеспечения высокого уровня доказательности и научной обоснованности выбора источников. Для дополнительного уточнения и повышения качества отобранных источников были применены критерии исключения: краткие отчеты, рекламные статьи и работы на языках, не входящих в лингвистические компетенции исследователей. Этот этап отбора помог избежать источников, не соответствующих требованиям научной обоснованности. Глубина поиска составила 12 лет (2012-2023). Результаты. Клональный гемопоэз неопределённого потенциала (КГНП) стал предметом исследований в более ранние годы, но основные исследования и обсуждение по теме начали активно развиваться в научной литературе в последние десятилетия. Благодаря усовершенствованным методам секвенирования генома и молекулярной диагностики интерес к КГНП и его связи с различными заболеваниями, включая сердечно-сосудистые, онкологические и другие увеличился. Предполагается, что клональный гемопотоэз может быть модифицируемым фактором риска, возможно, за счет применения препаратов, снижающих уровень холестерина, или воздействия на специфические воспалительные пути. Исследования связывают мутации в генах DNMT3A, TET2, ASXL1 и JAK2 с коронарной болезнью сердца, у носителей КГНП с данными мутациями выявлен повышенный уровень кальцификации коронарных артерий, что является маркером атеросклеротической нагрузки. Результаты исследований показывают, что лица, имеющие КГНП, выявленные среди пожилых людей имеют более высокий риск развития ишемической болезни сердца (ИБС) и гематологических заболеваний по сравнению с носителями этих мутаций, но моложе возрастом. Эти выводы подчеркивают значимость КГНП как фактора риска для развития ИБС и гематологических заболеваний, особенно среди пожилого населения. Выводы. Наличие клонального гемопоэза опосредует почти одну треть риска неблагоприятных сердечно-сосудистых исходов при коронарной болезни сердца. Необходимы дальнейшие исследования для...